阿榜的生信笔记9—GEO分析

哈喽，我是学习生物信息学的阿榜！非常感谢您能够点击进来查看我的笔记。我致力于通过笔记，将生物信息学知识分享给更多的人。如果有任何纰漏或谬误，欢迎指正。让我们一起加油，一起学习进步鸭🦆

一、实验目的：通过基因表达量数据的差异分析和富集分析来解释生物学现象

病变组织vs健康组织

药物处理vs对照组

开花前vs开花后

动物/动物不同发育期

高产/低产品种

思路：有差异的材料→差异基因→找功能/找关联→解释差异,缩小基因范围

二、明白三个概念

GPL：用户测序使用的芯片/平台；

GSM：用户提交给GEO的样本数据；

GSE：一个完整的研究，并提供了整个研究的描述，包括对数据的描述，总结分析。

三、分析思路

①、先去GEO数据库找到GSE编号

②、下载数据（如表达矩阵、GPL平台注释文件等）

③、探索分组之间是否有差异，PCA、热图等

④、差异分析及可视化

⑤、富集分析KEGG、GO

四、探针的注释

1. Biocoductor的注释包
2. 从GPL的表格文件解析获取 3.官网下载对应产品的注释表格 4.进行自主注释 5.不是所有的GPL都能找到注释

五、问题数据和常见错误分析

下图列举一些常见错误分析，大家遇到相同的问题后可以“对号入座”。

以上是我这次在学习生物信息学过程中所整理的笔记。如果大家对这个领域也感兴趣，欢迎加我好友，我的qq号是1841113542。希望大家能够一起学习，共同进步。如果在笔记中有错误或者不足之处，欢迎大家指正，我们一起加油鸭🦆

引用自生信技能树——小洁老师