学习小组Day3-bubble

linux环境下的软件安装

1什么是conda

conda相当于是windows系统下的一个应用商店，可以在这个里面下载你想下载的软件，因为在Linux系统中下载软件要通过软件的官网源码安装，这个方式非常的慢而且下载好之后还有配置环境，有些软件是国外开发下载也相当不容易，于是我们使用conda这个“应用商店”就非常方便了

1.1安装conda

浏览器搜索Miniconda 清华

于是可以在服务器中输入

wget -c https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh

-c 参数是断点续传的意思可以防止网络波动重新下载 以后使用wget下载养成好习惯使用-c 参数

现在就下载啦

然后

bash  Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh

就可以看到

输入yes回车等等

自己就会默认安装啦

同样做完什么修改或者安装什么软件之后记得

source ~/.bashrc

重新激活一下或者重登这个昨天讲过 为的是能保证你做的修改和安装软件能正常运行

1.2 配置镜像

首先要搜索coda的镜像，还是那句话因为国内访问conda官网很慢，因此，使用国内源非常好用

https://zhuanlan.zhihu.com/p/628870519 这里参考各种国内镜像源 其实这么多是为了如果某个源找不到想安装软件可以换个源试试

可以输入

接下来代码引用一下生信星球学习小组的# 使用北外的镜像 conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda/ conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge/ conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/pkgs/free/ conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/pkgs/main/ conda config --set show_channel_urls yes conda config --set auto_activate_base false

conda config --set show_channel_urls yes这一步在Day1中说过是搜索时显示通道地址

conda config --set auto_activate_base false这一步也是Day1中的每次登录不要默认进入base环境

如下

配置成功啦并且conda可以正常使用啦

1.3conda一些指令使用

① conda list

查看当前服务器上安装的所有软件列表 conda list

conda list

可以看到使用conda下载了哪些软件包

②conda create xxx

创建一个小环境

具体参考Day1所说

创建一个rna-seq小环境

conda create -n rna-seq# 创建环境
conda activate rna-seq# 激活所创建环境
conda deactivate rna-seq#退出当前环境

可以看到进入小环境啦

③ conda info --envs

查看当前conda有哪些环境

conda info --envs   # 前面带*的就是当前激活的

2安装软件！

##2.1这一步一定记得要进入所创建的小环境中下载

不要下载基础环境中了原因参考Day1所说

conda install fastqc # 下载fastqc软件

如果后面加了-y参数下载完自动安装不用自己输入y安装 但这里我喜欢不加-y参数 因为我喜欢一步一步我看得到会放心些

如图

然后查看帮助看看是否能使用

ok可以正常使用了

2.2卸载conda所安装软件

conda remove fastqc 同样后面可加-y参数

这里实在太慢就没有啦

也是加载完输入y就好

今天的学习就结束啦！