生信星球学习小组Day5-云朵

今天的重点是了解数据结构，又是充电的一天~

# 1. 了解数据类型

> （1）R的赋值符号是**<-**

> （2）在Console 控制台输入命令，相当于Linux的命令行 

> （3）R的代码都是**带括号**的，括号必须是英文

> （4）显示工作路径 getwd()

> （5）向量是由元素组成的，元素可以是**数字或者字符串**

> （6）表格在R语言中改名叫**数据框**

> （7）别只复制代码，要理解其中的命令、函数的意思。函数或者命令不会用时，可用这个命令查看帮助：?read.table，调出对应的帮助文档，翻到example部分研究一下。

> （8）数据类型：向量（vector），数据框（Data frame）*重要*

# 2.向量

## 2.1.标量和向量的区分

元素指的是数字或者字符串（用chr表示）等

> 标量：一个元素组成的变量

> 向量：多个元素组成的变量(是一排有序排列的元素)

来源于：生信星球

使用时，一般都会直接给变量定义，也就是“赋值”，数值、字符串、数据框等

x<- 1:10 #从1-10之间所有的整数
x<- seq(1,10,by = 0.5) #1-10之间每隔0.5取一个数（注意是逗号不是分号）
x<- rep(1:3,times=2) #1-3 重复2次

*注：x的赋值为最后一次的结果*

## 2.2 从向量中提取元素

（1）根据位置

#这里的x是你刚才赋值的变量名，根据自己的情况来修改
x[4] #x第4个元素
x[-4]#排除法，除了第4个元素之外剩余的元素
x[2:4]#第2到4个元素
x[-(2:4)]#除了第2-4个元素
x[c(1,5)] #第1个和第5个元素

（2）根据值

x[x==10]#等于10的元素, *两个等号*
x[x<0]
x[x %in% c(1,2,5)]#存在于向量c（1，2，5）中的元素

# 3. 数据框

将示例数据放在你的工作目录下

新建yunduo.txt，默认在工作目录下新建

用以下命令即可获得示例数据框：

'''X<-read.csv('doudou.txt')'''

## 3.1 读取本地数据

huahua.txt放在工作目录里

read.table(file = "huahua.txt"sep""t",header =T)

a<-read.table(file = "huahua.txt"sep""t",header =T)

sep=t #目的为识别行

header=T #目的为把第一行设置为表头

## 3.2 设置行名和列名

X<-read.csv('doudou.txt') #在示例数据里有doudou.txt 注意这里的变量X是一个数据框

colnames(X) #查看列名

rownames(X) #查看行名,默认值的行名就是行号，1.2.3.4...

colnames(X)[1]<-"bioplanet"#有的公司返回数据，左上角第一格为空，R会自动补为x,用这个命令来修改

X<-read.csv(file = "huahua.txt",sep = " ",header =T,row.names=1)#最后row.names的意思是修改第一列为行名

## 3.3 数据框的导出

write.table(X,file = "yu.txt",sep = ",",quote=F)#分隔符改为逗号，字符串不加双引号（默认格式带由双引号） 

## 3.4 变量的保存与重新加载

save.image(file="bioinfoplanet.RData")#保存当前所有变量

save(X,file="test.RData")#保存其中一个变量

load("test.RData")#再次使用RData时的加载命令

## 3.5 提取元素

-X[x,y]#第x行第y列

- X[x,]#第x行

- X[,y]#第y列

- X[y] #也是第y列

- X[a:b]#第a列到第b列

- X[c(a,b)]#第a列和第b列

- X$列名#也可以提取列（不用写括号，支持Tab自动补全哦，不过只能提取一列）

## 3.6 直接使用数据框中的变量

plot(iris$Sepal.Length,iris$Sepal.Width)

save(X,file="test.RData")#储存到Rdata文件夹里,是R语言特有的数据存储格式，无法用其他软件打开,保存的是变量，不是表格文件

如果报错object X not found，可能是区分大小写的问题，或者不在工作目录