Day3 Linux环境下的软件安装--hola

安装miniconda

搜索https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/miniconda/

进入网页后安装64位最新版本

右键-复制下载链接

在终端 biosoft文件夹下wget https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/miniconda/Miniconda3-py39_4.9.2-Linux-x86_64.sh下载sh脚本文件

通过bash命令运行sh文件bash Miniconda3-py39_4.9.2-Linux-x86_64.sh

最后source ~/.bashrc激活conda，进一步在base环境下输入conda，出现满屏的信息说明成功了

设置镜像

所谓镜像网站，相当于主网站的副本，conda在国外，我们在国内下载软件速度会很慢，因此配置镜像，从镜像网站下载，可以加快下载速度

把下面的代码全部复制到命令行，粘贴、回车（注意理解代码的意思）

conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda/ conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge/

conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/pkgs/free/ conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/pkgs/main/

conda config --set show_channel_urls yes

使用conda

• 查看当前服务器上安装的所有软件列表conda list
• 安装软件 conda install fastqc -y【-y是yes，安装过程中conda问你的问题全部回答yes，不加yes需要手动键入确认安装】，键入fastqc --help查看是否安装成功，即出现大片帮助文档
• 查看环境 conda info --envs (前面带*的就是当前激活的)
• 激活环境conda activate 环境名
• 关闭环境 conda deactivate 环境名