最新AlphaFold 3：预测所有生物分子结构、相互作用

1.写在开头

最近总是看到AlphaFold 3又在Nature发表的新闻，我便想亲自体验一下AlphaFold 3的强度之处

2.简介 

AlphaFold 3采用了一种全新的、基于扩散的架构，可以联合预测各种复合物的结构，包括蛋白质、核酸、小分子、离子和修饰残基。这意味着它可以帮助我们更准确地了解蛋白质是如何相互作用的，这对于药物研发、生物工程等领域有着巨大的潜力。

3.对生物、医药、科学的意义

最让人兴奋的是，AlphaFold 3相比以前的专业工具在准确性上有了显著的提升。对于蛋白质和配体之间的相互作用，它的准确性远远超过了当前最先进的对接工具。而在蛋白质和核酸之间的相互作用方面，它也比以往的核酸特异性预测器表现得更好。甚至，在抗体和抗原的预测上，它也比之前的AlphaFold-Multimer v2.3模型有了显著的提高。

这意味着什么呢？这意味着在一个单一的深度学习框架内，我们可以更精确地模拟整个生物分子空间。这是多么令人振奋的进展啊！这将为科学家们在药物研发、疾病治疗等方面提供前所未有的工具和资源。AlphaFold 3的推出，无疑将推动我们对生命科学的理解和探索迈出一大步！

4. AlphaFold 3如何使用？

在使用之前，我们先了解AlphaFold服务器的关键事项：

1. AlphaFold服务器仅供个人和非商业组织（包括大学、非营利组织、研究机构、教育和政府机构）以及新闻界使用。商业组织和活动不能使用AlphaFold服务器。
2. 不得将AlphaFold服务器或其输出用于任何商业活动，包括代表商业组织进行研究；也不得将其用于预测蛋白质与配体或肽的结合或相互作用的任何自动化系统，比如Glide或AutoDock。
3. 也不得将其用于训练机器学习模型或相关技术，用于类似AlphaFold服务器的生物分子结构预测。
4. 你可以根据我们的条款发布、分享和调整AlphaFold服务器的输出，但需要遵守我们的使用条款，包括提供明确的通知，说明持续使用需遵守AlphaFold服务器输出使用条款，以及对你进行的任何修改。

5. AlphaFold 3的应用

使用链接放在文末，需要访问国外网站哦

5.1 选择你感兴趣的分子 ，输入相应的代码或者序列

免费版本的有5四种选择

5.2 点击continue and preview

5.3 点击confirm and submit,等一等就成功了

结果如下，这是三维可以旋转、透视的图

（有镁离子）

注：

但是在没有Mg2+离子的存在下，似乎蛋白与核酸之间的距离变得更远了，是不是说明相互作用减弱了？进而推导出Mg2+对该蛋白与核算的相互作用具有重要意义呢

（无镁离子）

生信小博士

【生物信息学】R语言开始，学习生信。Seurat，单细胞测序，空间转录组。 Python，scanpy，cell2location。资料分享

公众号

如有不妥之处，欢迎批评指正——生信小博士

链接：https://golgi.sandbox.google.com/terms-of-service参考：https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/38718835/https://blog.google/technology/ai/google-deepmind-isomorphic-alphafold-3-ai-model/#future-cell-biology