单细胞学习第五天

今天的学习内容是单样本的拟时序分析。花花给我们科普了拟时序的基本概念和用途，这个很有用，必须记录。

概念

拟时序分析（Pseudo-time analysis）是一种用于理解细胞状态和细胞命运变化的计算生物学方法。这种分析通常用于单细胞测序数据，其目的是重建细胞发育或疾病进程中的时间序列，即使实际的时间信息不可用。拟时序分析是一种强大的工具，它可以帮助研究者在没有直接时间标记的情况下，通过基因表达数据来探索细胞状态的变化和动态过程。这种方法在单细胞生物学、发育生物学、癌症生物学和神经科学等领域有着广泛的应用。

应用

细胞状态推断：通过分析单个细胞的基因表达模式，推断细胞在生物学过程中所处的状态。

细胞轨迹追踪：重建细胞从一种状态转变到另一种状态的路径，这有助于理解细胞分化、发育或疾病进展的过程。

细胞命运预测：预测细胞随时间可能采取的发育轨迹，尤其是在干细胞分化或癌症发展的研究中。

动态过程建模：创建细胞状态变化的动态模型，这有助于揭示细胞行为的内在规律和调控机制。

细胞亚群识别：在复杂的细胞群体中识别不同的细胞亚群，并理解它们在生物学过程中的作用。

基因调控网络推断：通过分析基因表达随“拟时间”的变化，推断基因调控网络和信号传导途径。

疾病机理探索：在疾病研究中，拟时序分析有助于揭示疾病发生和发展的分子机制。

药物作用机制研究：通过观察药物处理前后细胞状态的变化，研究药物的作用机制和效果。

拟时序的细胞亚群选择：做拟时序分析通常不是拿全部的细胞，而是拿感兴趣的一部分。用subset提取子集即可。因为要使用差异基因来排序，所以要两类及以上细胞。基于背景知识选择有进化关系的细胞类型。

所以，拟时序给我们梳理了连个细胞群在进化上的相关性，也可以展示某个基因在时间和细胞亚群中的表达变化，对于我们解释某个基因的功能还是很有用的，尤其在揭示其调控机制的时候，拟时序的分析应该可以用空间转录组学来验证吧，哈哈哈，不知道说对了没有，这是我自己的理解。

代码今天就不搬了。。。。。。