请把我的爱(conda环境)搬回你的家

今天是生信星球陪你的第1055天

公众号里的文章大多数需要编程基础，如果因为代码看不懂，而跟不上正文的节奏，可以来找我学习，相当于给自己一个新手保护期。我的课程都是循环开课，点进去咨询微信，随时可以报名↓ 生信分析直播课程(每月初开一期) 生信新手保护学习小组长期报名中（每月一期） 单细胞陪伴学习小组（每月一期）

0.问题

用conda install安装python或者linux的软件和包，会自动安装你的python版本选择能够适配的最新版本。这就导致一个问题：在不同的时间运行相同的代码，会出现版本差别！进而在使用相同代码的时候产生报错。今天配好的环境，过几个月发现咔咔报错咋办呢。

比起自己花更多时间区解决版本之间的兼容性问题，最好的办法是，重现老师的环境!

1.老师把自己的环境导出为txt或者yml

省流：我一般用yml！

txt和yml的区别：

• YAML (.yml) 文件包含更完整的环境信息，包括环境名称、通道（channels）和依赖项的平台特定信息（如Linux、macOS、Windows）。它更适合跨平台复现，但可能需要针对特定平台进行调整。
• Text (.txt) 文件通常只包含包列表（包名和版本），不包含环境名称或通道信息。它更轻量，但可能缺乏一些细节。

注意：我的电脑是windows，安装了ubuntu子系统，可以和linux服务器通用，但为了适配mac，yml文件里需要去掉linux专属的一些软件，这个动作我会让AI做，做完拿到mac电脑上检查一下能否正常安装、使用，不能就再让AI改！哈哈

conda activate sc

# 导出环境为txt文件
conda list --export > requirements.txt

# 导出环境为YAML文件
conda env export > environment.yml

直观的比较一下二者之间的区别吧：

这是txt：

这是yml：

2.学生下载txt或者yml，在自己电脑上安装

就相当于给了所有软件及其版本的清单，让conda照着这个清单去装。

# 从txt文件创建环境
conda create --name sc --file requirements.txt

# 从YAML文件创建环境
conda env create -f environment.yml

用txt创建环境，环境名称可以自定义

用yml创建环境，环境名称就不需要写了，文件里面已经包含了。

3.我这里有两套环境你拿去玩一下

sc2.yml

sc2_for_mac.yml

sc4.yml

sc4_for_mac.yml

其中sc2用于除了pyscenic之外的其他python单细胞分析，sc4用于pyscenic。是我反复调试才成功的嘞！请珍惜这个愿意分享自己劳动成果的我哈哈哈。

在"生信星球"聊天框回复“yml1055”即可获得这几个文件。