Tax4Fun -‘dimname’[1]的长度不等于数组范围的错误
我正在尝试运行Tax4Fun来从16秒数据中预测功能能力。因为到目前为止的分析是在Mothur中进行的，所以我不能使用biom作为输入( biom版本之间的不兼容，这一点我事先就知道了)。
我将我的mothur biom文件转换为tsv文件，如下所示：biom convert -i *biom -o otu_table.txt --header-key taxonomy --table-type "OTU table" --to-tsv然后将otu_table.txt文件与Tax4Fun一起使用：data<-importQIIMEData("otu_table.txt") folderReferenceData<- "/nobackup/shared/cgebm/r_packages/Tax4Fun/SILVA119/" results <- Tax4Fun(data,folderReferenceData)
但是我得到以下错误信息: error in rownames<-(*tmp*，value = c("NC-1.S34"，"NC-2.S48"，"PC-1.S27"，：length of‘dimname’1不等于数组范围
我广泛地搜索了谷歌，但没有找到一个解决方案！该文本文件具有我所期望的尺寸，并且在加载到R中时看起来没有问题。
欢迎所有建议！
回答 1
Stack Overflow用户
发布于 2016-03-27 09:49:12
我也有同样的问题，索菲。你能找到一个解决方案吗？
编辑:我找到了这个问题的解决方案。
问题是如何格式化分类法列。
当您使用Silva参考数据库(我使用的是Silva119)时，您将像这样运行脚本：
pick_closed_reference_otus.py -i CombinedFasta_soil/combined_seqs.fna
-r Silva119_release/rep_set/97/Silva_119_rep_set97.fna
-t Silva119_release/taxonomy/97/taxonomy_97_raw_taxa.txt
-o Soil_ClosedRef_Silva/关键是使用原始分类文件。在我的例子中，它是"taxonomy_97_raw_taxa.txt“。如果您使用任何其他分类文件，它将无法工作。运行完pick_open_reference_otus.py之后，为了安全起见，您可能只需要转换biom文件即可。
biom convert -i Soil_ClosedRef_Silva/otu_table.biom
-o Soil_ClosedRef_Silva/otu_table.txt --to-tsv --header-key taxonomy最终的R代码看起来像这样：
file <- "otu_table.txt"
QiimeData <- importQIIMEData(file)
print(QiimeData)
# SO is my dir for SO answer work
folderReferenceData <- "~/Downloads/Tax4FunData/SILVA119/"
Tax4FunOutput <- Tax4Fun(QiimeData, folderReferenceData, fctProfiling
=TRUE, refProfile = "UProC", shortReadMode = TRUE, normCopyNo = TRUE)
print(Tax4FunOutput)
Tax4FunProfile <- Tax4FunOutput$Tax4FunProfile
Tax4FunProfile <- data.frame(t(Tax4FunOutput$Tax4FunProfile))
View(Tax4FunProfile)
#save to excel
write.table(Tax4FunProfile,"Tax4FunProfile_Export.csv",sep="\t")如果生成的.csv文件在excel中显示不正确，则可能需要将其文件扩展名更改为.txt。
https://stackoverflow.com/questions/35922341
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