pheatmap方法“row”在hclust(d，scale== method)中出现错误:外部函数调用中有NA/NaN/Inf
pheatmap方法“row”在hclust(d，scale== method)中出现错误:外部函数调用中有NA/NaN/Inf
提问于 2015-05-20 21:00:26
我正在尝试用R中的pheatmap包创建一个带有基因表达值的热图。我已经使用过该代码无数次，直到今天才发现问题。似乎当我执行scale="row“时，我最终得到了这个错误。我不能创建z分数。因此，对于某些行，可能没有发生这种情况的可变性。我怎么才能摆脱这个。矩阵有1100行9列。我的代码：
data <- read.table("~path/DEGs_DESeq.txt",sep="\t")
data2 <- as.matrix(data[,2:9])
data3 <- data2[-1,]
samples <- data2[1,]
genes <- data[2:length(data2[,1]),1]
vett <- as.numeric(data3)
data4 <- matrix(vett, length(genes), length(samples), dimnames=list(paste(genes),paste(samples)))
head(data4)
pheatmap(as.matrix(data4), col=bluered(200), scale="row", key=T, keysize=1.5,
density.info="none", trace="none",cexCol=0.6, fontsize_row=8, fontsize_col=10)hclust(d，= method)中出现方法错误:外部函数调用(参数11)中存在NA/NaN/Inf
我怎样才能摆脱这个错误？
回答 2
Stack Overflow用户
回答已采纳
发布于 2016-10-28 07:42:25
实际上我已经算出来了..在执行z得分计算时，我必须删除没有SD出现的行，它重建了热图。谢谢
Stack Overflow用户
发布于 2020-11-27 14:46:32
您可以使数据帧中的所有行都具有0值
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原文链接：
https://stackoverflow.com/questions/30350438
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