对于使用roxygen(2)记录类,指定标题和描述/细节似乎与函数、方法、数据等相同。然而,槽和继承是它们自己的一种动物。在roxygen2中记录S4类的最佳实践是什么--当前的还是计划的?
尽职调查:
我发现在对roxygen的早期描述中提到了@slot
标签。A 2008 R-forge mailing list post似乎表明这已经死了,并且在roxygen中不支持@slot
:
这对roxygen2来说是真的吗?前面提到的帖子建议用户应该使用LaTeX标记来创建自己的分项列表。例如,扩展"character"
类的新S4类的编码和文档将如下所示:
#' The title for my S4 class that extends \code{"character"} class.
#'
#' Some details about this class and my plans for it in the body.
#'
#' \describe{
#' \item{myslot1}{A logical keeping track of something.}
#'
#' \item{myslot2}{An integer specifying something else.}
#'
#' \item{myslot3}{A data.frame holding some data.}
#' }
#' @name mynewclass-class
#' @rdname mynewclass-class
#' @exportClass mynewclass
setClass("mynewclass",
representation(myslot1="logical",
myslot2="integer",
myslot3="data.frame"),
contains = "character"
)
然而,尽管这种方法是有效的,但是这种用于记录插槽的\describe
、\item
方法似乎与roxygen(2)的其余部分不一致,因为没有@
-delimited标签,并且插槽可以不被记录而不会受到roxygenize()
的反对。它也没有提到以一致的方式记录所定义的类的继承。我想,使用@import
标签,依赖项仍然可以很好地工作(如果某个特定的插槽需要来自另一个包的非基类)。
那么,总结一下,roxygen(2)插槽当前的最佳实践是什么?
目前似乎有三种选择需要考虑:
@slot
...但是有了额外的标签/实现,我就错过了。我无法让@slot与roxygen / roxygen2一起使用,因为在上面的示例中,它被包含为分项列表的替代品。同样,上面的例子也适用于roxygen(2)。@param
,可以完成相同的任务。我借用/扩展了我在github上的roxygen2
开发页面上的一篇帖子。
发布于 2013-12-10 09:01:08
roxygen2 v4.1+和哈德利的最新文档:
http://r-pkgs.had.co.nz/man.html#man-classes
我还没有在RC上尝试过它,但现在它在S4上可以工作。
之前
看起来在Roxygen2版本3.0+下完全支持S4类插槽:
http://blog.rstudio.org/2013/12/09/roxygen2-3-0-0/
使用roxygen2记录您的S4类、S4方法和RC类-您可以安全地删除使用@alias
和@usage
的变通方法,只需依靠roxygen2来做正确的事情。
发布于 2012-06-09 05:53:04
Roxygen2 5.0.1的更新答案,当前版本为6.0.1
对于S4,现在的最佳实践是使用@slot
标记进行记录:
#' The title for my S4 class that extends \code{"character"} class.
#'
#' Some details about this class and my plans for it in the body.
#'
#' @slot myslot1 A logical keeping track of something.
#' @slot myslot2 An integer specifying something else.
#' @slot myslot3 A data.frame holding some data.
#'
#' @name mynewclass-class
#' @rdname mynewclass-class
#' @export
顺便说一句,@exportClass
只在某些情况下是必要的,导出函数的一般方法是现在使用@export
。您也不必导出类,除非您希望其他包能够扩展该类。
另请参阅http://r-pkgs.had.co.nz/namespace.html#exports
Roygen2 3.0.0的更新答案,当前版本为5.0.1。
对于S4,最佳实践是采用以下形式的文档:
#' \section{Slots}{
#' \describe{
#' \item{\code{a}:}{Object of class \code{"numeric"}.}
#' \item{\code{b}:}{Object of class \code{"character"}.}
#' }
#' }
这与插槽在对象内部作为列表的内部表示是一致的。正如您所指出的,此语法与其他代码行不同,我们可能希望将来有一个更健壮的解决方案,其中包含继承知识--但现在还不存在。
正如@Brian Diggs指出的那样,这个特性被引入了3.0.0,在https://github.com/klutometis/roxygen/pull/85上进行了进一步的讨论
发布于 2013-01-09 21:49:11
如果你要在Rd文件本身中记录插槽,Full Full提供的解决方案是可以的。在使用roxygen2
时,您可以使用标记@section
对\describe
执行基本相同的操作。举个例子:
#' The EXAMPLE class
#'
#' This class contains an example. This line goes into the description
#'
#' This line and the next ones go into the details.
#' This line thus appears in the details as well.
#'
#'@section Slots:
#' \describe{
#' \item{\code{slot1}:}{Matrix of class \code{"numeric"}, containing data from slot1}
#' \item{\code{slot2}:}{Object of class \code{"character"}, containing data that needs to go in slot2.}
#' }
#'
#' @note You can still add notes
#' @name EXAMPLE
#' @rdname EXAMPLE
#' @aliases EXAMPLE-class
#' @exportClass EXAMPLE
#' @author Joris Meys
https://stackoverflow.com/questions/7368262
复制相似问题