问Sweave实战入门

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你已经问了几个问题，所以这里有几个答案；

StatEt/Eclipse是使用Sweave的正确方式吗？

不一定(注意:我是一个狂热的StatEt/Eclipse用户，我将它用于纯R和Sweave/R，我喜欢它，我还没有使用过Komodo / sciviews-R)。您应该能够从任何生成.tex文件的R命令行运行sweave命令。然后，您可以将.tex文件转换为可从任何tex环境读取的文件(如pdf)。

什么是好的Sweave工作流程？

当我想要把一个r脚本转换成一个sweave报表时，我通常会从一个空的sweave模板开始，然后将我的整个R脚本复制/粘贴到紧跟在标题后面的sweave块中，即；

<<label=myEntireRScript, echo=false, include=false>> 
#Insert code here
myTable<-dataframe(...)
myPlot<-qplot(....)
@ 

然后我遍历并找到我想要报告的部分。例如，如果我想要将一个表放入报告中，我将剪切R块并放入一个xtable块，变量和绘图也是如此。

<<label=myEntireRScript, echo=false, include=false>>=  
#Insert code here
@ 
Put any text I want before my table here, maybe with a \Sexpr{print(variable)} named variable

<<label=myTable, result=Tex>>= 
myTable<-dataframe(...)
print(xtable(mytable,...),...)
@ 
Any text I want before my figure
<label=myplot, result=figure>>= 
myPlot<-qplot(....)
print(qplot)
@ 

你可能想看看these related SO posts。我帖子的其余部分与你的问题2有关。

在使用Sweave创建报告时，我通常将大部分R代码和报告文本分开。如果R代码运行起来很快，那么我希望在.Rnw文件的开头包含如下内容：

<<>>
source('/path/to/script.r')
@

另一方面，如果R代码需要很长时间，我通常会在R脚本的末尾包含如下内容：

Sweave('/path/to/report.Rnw'); system('pdflatex report.tex')

这样，我就可以快速地重新生成报告，而无需再次运行所有的R代码。然后，R在Sweave文件中要做的唯一工作就是打印表格，制作图形，也许还可以提取一些图形。

与source()一样，我更喜欢将R和Sweave文件分开，但我更喜欢用save.image()保存工作区，而不是使用nullglob保存文件。这就避免了在编译每个.Rnw文件时运行R计算(而且我最终总是对排版进行了更多的修改)。

我的一般工作流程是在自己的文件夹中使用自己的R文件完成每个论文/项目。当计算端“完成”时，我使用save.image()来按原样存储所有工作区变量。

然后，在同一目录下的.Rnw文件中，我使用setwd()设置工作目录，并使用load(".Rdata")加载所有变量。当然，您可以更改工作区的名称，但我会为每个文件夹更改一个工作区，并保留默认名称。哦，如果您修改了R文件，请务必保存工作区图像，并注意工作区和.Rnw文件中的变量，但这些变量不再是R文件的一部分……这就是save.image()方法可能会带来一些麻烦的地方。

我使用的是Mac，如果你有点极客，我建议你使用TextMate，如果你真的很极客，我建议使用emacs/ess。我使用vim和命令行R，但是emacs/ess在大多数情况下最有效。如果您是长期从事这项工作，我怀疑您是否会后悔学习R、Sweave和LaTeX的emacs/ess。