在anova之前进行缩放？
在anova之前进行缩放？
提问于 2011-03-02 13:40:51
我想进行一个方差分析来识别差异表达的基因。在寻找差异表达的基因之前，我应该使用分位数归一化或中位数绝对偏差来缩放数据，还是应该直接对通过RMA获得的数据应用方差分析？
提前谢谢你
回答 2
Stack Overflow用户
发布于 2011-03-03 07:12:49
你可以在RMA之后应用方差分析，因为它包括背景调整，总结和分位数归一化步骤(see here)。对于非仿射数据，可以在方差分析之前使用对数变换/分位数归一化或光照数据的对数变换/分位数归一化或方差稳定变换(/RSN)(鲁棒样条归一化)。
正如前面所指出的，解决这个问题的最佳位置是BioStar。
顺便说一下，您还需要在RMA之后和ANOVA之前对数据进行一些过滤，以删除低方差的探测集。如果你在R中工作，你会想看看genefilter。
Stack Overflow用户
发布于 2011-03-02 18:12:30
总是，总是正常化，否则你的结果是无法比较的。所使用的归一化技术在很大程度上取决于所使用的微阵列技术。
要获得更深入的答案，您应该尝试使用Biostar Stack Exchange site。
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原文链接：
https://stackoverflow.com/questions/5163825
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