PyMOL中2个小分子的比对
PyMOL中2个小分子的比对
提问于 2013-05-14 22:56:39
我想在PyMOL中对齐配体，就像对蛋白质结构进行对齐一样，但我得到了一个错误消息：
ExecutiveAlign: mobile selection must derive from one object only
我还将配体复制到单独的PDB文件中，将HETATM条目重命名为ATOM，但仍然收到此错误。我想知道为什么PyMOL在排列这些小分子时会有问题。
PS:这些配体具有相似的结构，只是配位不同。
回答 2
Stack Overflow用户
发布于 2013-11-23 03:15:35
当您使用align函数进行比对时，pymol首先通过执行序列比对来进行结构比对。
您可以使用pair_fit函数，但必须指定原子之间的对应关系。此函数接受两个选择，每个元素一个，具有相同数量的原子。
如果配体具有完全相同的化学结构，则可以直接传递对象，否则必须进行适当的选择。
Stack Overflow用户
发布于 2018-06-26 11:54:02
您是通过GUI完成此操作的吗？这是一个错误，align函数从不在GUI中工作。尝试使用命令行执行此操作。
align mol1，mol2
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原文链接：
https://stackoverflow.com/questions/16546514
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