按顺序连接文件Linux命令
按顺序连接文件Linux命令
提问于 2013-10-16 02:37:07
我刚刚开始学习使用命令行。希望这不是一个垃圾问题。
我的目录中有以下文件：
L001_R1_001.fastq
L002_R2_001.fastq
L004_R1_001.fastq
L005_R2_001.fastq
L001_R2_001.fastq
L003_R1_001.fastq
L004_R2_001.fastq
L006_R1_001.fastq
L002_R1_001.fastq
L003_R2_001.fastq
L005_R1_001.fastq
L006_R2_001.fastq你可以在文件名中看到，它是R1和R2的混合，L00后面的数字没有排序。
我想按照文件名的顺序连接文件，分别用于R1和R2文件。
如果我手动完成，它将如下所示：
# for R1 files
cat L001_R1_001.fastq L002_R1_001.fastq L003_R1_001.fastq L004_R1_001.fastq L005_R1_001.fastq L006_R1_001.fastq > R1.fastq
# for R2 files
cat L001_R2_001.fastq L002_R2_001.fastq L003_R2_001.fastq L004_R2_001.fastq L005_R2_001.fastq L006_R2_001.fastq > R2.fastq你能帮我写一个我以后可以重用的脚本吗？谢谢!
回答 2
Stack Overflow用户
发布于 2013-10-16 02:43:35
cat `ls -- *_R1_*.fastq | sort` >R1.fastq
cat `ls -- *_R2_*.fastq | sort` >R2.fastq在大多数系统上不需要| sort，因为ls按名称对文件进行排序。
如果文件名包含空格，则首先执行以下操作：
IFS='
'Stack Overflow用户
发布于 2013-10-16 02:44:37
尝试使用通配符*。它将自动按字母顺序展开文件名。
cat L*_R1_001.fastq > R1.fastq
cat L*_R2_001.fastq > R2.fastq编辑：
如果上面的命令没有提供所需的排序，请尝试按照Fredrik Pihl的建议使用LC_ALL=C覆盖区域设置
LC_ALL=C cat L*_R1_001.fastq > R1.fastq页面原文内容由Stack Overflow提供。腾讯云小微IT领域专用引擎提供翻译支持
原文链接：
https://stackoverflow.com/questions/19388646
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