首页
学习
活动
专区
圈层
工具
发布
首页
学习
活动
专区
圈层
工具
MCP广场
社区首页 >问答首页 >使用cTAKES解析临床文档

使用cTAKES解析临床文档
EN

Stack Overflow用户
提问于 2013-10-22 04:53:34
回答 2查看 3.8K关注 0票数 8

我正在尝试弄清楚如何从Java运行临床文档管道。我有一套纯文本的临床文档。我想解析这些文档,并提取文档doc_ID中的列表,其中有频率为freq的CUI。我花了几天时间安装cTAKES并寻找解决方案。我将范围缩小到ClinicalPipelineWithUmls.java,在那里进行测试并使用AnaylisisEngineDescription运行SimplePipeline。以下是代码的一部分:

代码语言:javascript
运行
复制
String documentText = "Text of document to test goes here, such as the following. No edema, some soreness, denies pain.";
InputStream inStream = InputStreamCollectionReader.convertToByteArrayInputStream(documentText);
CollectionReader collectionReader = InputStreamCollectionReader.getCollectionReader(inStream);
AnalysisEngineDescription pipelineIncludingUmlsDictionaries = AnalysisEngineFactory.createAnalysisEngineDescription(
            "desc/analysis_engine/AggregatePlaintextUMLSProcessor");
AnalysisEngineDescription xWriter = AnalysisEngineFactory.createPrimitiveDescription(
            XWriter.class,
            XWriter.PARAM_OUTPUT_DIRECTORY_NAME,
            AssertionConst.evalOutputDir,
            XWriter.PARAM_XML_SCHEME_NAME,
            XWriter.XMI,
            XWriter.PARAM_FILE_NAMER_CLASS_NAME,
            CtakesFileNamer.class.getName());
SimplePipeline.runPipeline(collectionReader, pipelineIncludingUmlsDictionaries, xWriter);
System.out.println("Done at " + new Date());

问题是它找不到"InputStreamCollectionReader“。我已经找过了,但是到目前为止还没有成功!你能给我一点提示或指点方向吗?谢谢你的帮助!

EN

回答 2

Stack Overflow用户

发布于 2013-10-22 14:06:53

你想使用InputStreamCollectionReader有什么特别的原因吗?除此之外,还有一些关于如何使用TextReader here的示例。

票数 3
EN

Stack Overflow用户

发布于 2018-01-27 03:11:54

我们已经为cTAKES实现了一个REST服务,它使我们能够根据请求发送临床文本,并将分析后的输出作为JSON响应返回。

您可以在下面的github repo.I中查看cTAKES REST模块,对于对web访问感兴趣的cTAKES用户来说,这应该是不错的选择。

票数 0
EN
页面原文内容由Stack Overflow提供。腾讯云小微IT领域专用引擎提供翻译支持
原文链接:

https://stackoverflow.com/questions/19504488

复制
相关文章

相似问题

领券
问题归档专栏文章快讯文章归档关键词归档开发者手册归档开发者手册 Section 归档