我正在尝试弄清楚如何从Java运行临床文档管道。我有一套纯文本的临床文档。我想解析这些文档,并提取文档doc_ID中的列表,其中有频率为freq的CUI。我花了几天时间安装cTAKES并寻找解决方案。我将范围缩小到ClinicalPipelineWithUmls.java,在那里进行测试并使用AnaylisisEngineDescription运行SimplePipeline。以下是代码的一部分:
String documentText = "Text of document to test goes here, such as the following. No edema, some soreness, denies pain.";
InputStream inStream = InputStreamCollectionReader.convertToByteArrayInputStream(documentText);
CollectionReader collectionReader = InputStreamCollectionReader.getCollectionReader(inStream);
AnalysisEngineDescription pipelineIncludingUmlsDictionaries = AnalysisEngineFactory.createAnalysisEngineDescription(
"desc/analysis_engine/AggregatePlaintextUMLSProcessor");
AnalysisEngineDescription xWriter = AnalysisEngineFactory.createPrimitiveDescription(
XWriter.class,
XWriter.PARAM_OUTPUT_DIRECTORY_NAME,
AssertionConst.evalOutputDir,
XWriter.PARAM_XML_SCHEME_NAME,
XWriter.XMI,
XWriter.PARAM_FILE_NAMER_CLASS_NAME,
CtakesFileNamer.class.getName());
SimplePipeline.runPipeline(collectionReader, pipelineIncludingUmlsDictionaries, xWriter);
System.out.println("Done at " + new Date());
问题是它找不到"InputStreamCollectionReader“。我已经找过了,但是到目前为止还没有成功!你能给我一点提示或指点方向吗?谢谢你的帮助!
发布于 2013-10-22 14:06:53
你想使用InputStreamCollectionReader
有什么特别的原因吗?除此之外,还有一些关于如何使用TextReader here的示例。
发布于 2018-01-27 03:11:54
我们已经为cTAKES实现了一个REST服务,它使我们能够根据请求发送临床文本,并将分析后的输出作为JSON响应返回。
您可以在下面的github repo.I中查看cTAKES REST模块,对于对web访问感兴趣的cTAKES用户来说,这应该是不错的选择。
https://stackoverflow.com/questions/19504488
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