miRNA目标富集
miRNA目标富集
提问于 2013-12-11 09:21:10
有没有人知道一个软件包或函数，它接受一个miRNA和一个mRNA的转录ID (ENSTXXXXXXXXXX)，并输出该基因是否是该miRNA的目标？
我已经查看了Bioconductor软件包("mirbase.db“等)，但我找不到一个可以做到这一点的。
回答 2
Stack Overflow用户
发布于 2013-12-17 11:41:14
我刚刚研究了一个类似的问题，将miRNA映射到基因靶点，反之亦然。我发现的一种方法是使用targetscan.Hs.eg.db (假设这里是人类数据)，它可以通过bioconductor获得：
biocLite('targetscan.Hs.eg.db')
library('org.Hs.eg.db') # required package
library('targetscan.Hs.eg.db')
get(get("SLC2A4", revmap(org.Hs.egSYMBOL)), targetscan.Hs.egTARGETS)
[1] "miR-150/5127"
[2] "miR-199ab-5p"
[3] "miR-17/17-5p/20ab/20b-5p/93/106ab/427/518a-3p/519d"
[4] "miR-93/93a/105/106a/291a-3p/294/295/302abcde/372/373/428/519a/520be/520acd-3p/1378/1420ac"
[5] "miR-31" 上面使用的是Gene_Symbol (有很多方法可以将文字记录ID转换为符号)。这似乎列出了在targetscan数据库中为所选基因找到的miRNA目标，在本例中为SLC2A4。
Stack Overflow用户
发布于 2013-12-27 05:34:12
您可以使用targetHub database通过mirna或基因标识符获取目标。
虽然这种方法没有指定给定的mirna-基因对是否相互作用，但它提供了一种使用各种预测算法查询mirna/基因以获得目标信息的更灵活的方法。
选中以下函数，以使用targetHub中描述的任何预测方法访问mir基因交互作用数据。尽管没有提供特定的R包，但您可以使用简单的HTTP调用来访问targetHub数据库。
library(RJSONIO) # function to extract mirna (mature) target genes
# from targetHub using any prediction algorithm
targetHub.byMethods <- function(mir.name, method) {
tarhub.matmirna <- 'http://app1.bioinformatics.mdanderson.org/tarhub/_design/basic/_view/by_matureMIRmethod'
method <- gsub("\\+", "%2B", method)
data.link <- gsub("\\\"", "%22", paste(tarhub.matmirna, '?key=["', mir.name, '","', method ,'"]&include_docs=true', sep=''))
json.data <- paste(readLines(data.link), collapse='') #get data from targetHub
target_data <- fromJSON(json.data) #convert json formatted data to list
target_Info <- NA
if(is.list(target_data) & (length(target_data$rows) > 0)) {
target_data <- target_data$rows
target_Info <- matrix(nrow = length(target_data), ncol = 3)
colnames(target_Info) <- c("Gene_Symbol", "Gene_EntrezID", "miRNA")
for(i in 1:length(target_data)) {
target_Info[i,1] = target_data[[i]]$doc$Gene_Symbol
target_Info[i,2] = target_data[[i]]$doc$Gene_EntrezID
target_Info[i,3] = target_data[[i]]$doc$miRNA
}
}
target_Info
}
#usage
miRandaTargets <- targetHub.byMethods("hsa-miR-200c-3p", "targetscan")
targetscanTargets <- targetHub.byMethods("hsa-miR-200c-3p", "miranda")
miRanda_targetscan_Targets <- targetHub.byMethods("hsa-miR-200c-3p", "miranda+targetscan")要自定义输出，可以检查targetHub API link。
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原文链接：
https://stackoverflow.com/questions/20508757
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