如何在Python中将序列发送到Web基因预测服务器？
如何在Python中将序列发送到Web基因预测服务器？
提问于 2011-09-14 11:30:10
我目前正在做一些关于‘从头算基因预测’程序的项目。我发现了一些有趣的网络基因预测服务器，比如'FGENESH‘和'GenScan’。网址如下：http://linux1.softberry.com/berry.phtml?topic=fgenesh&group=programs&subgroup=gfind
我想问你的是，我怎样才能通过python脚本发送我计算机中的DNA序列文件，而不是使用web浏览器。另外，我想知道如何解析结果。
谢谢。
回答 1
Stack Overflow用户
发布于 2011-09-17 04:45:32
解决问题的原始方法是使用mechanize (类似于浏览器)。然后，为了解析XML/HTML结果，您可能希望使用BeautifulSoup，它允许您获得组合的面向对象格式的XML结构，您可以从中访问文本和属性。在web上有几十个使用这两个库的例子。
但是，这些web服务通常具有一些对程序员更友好应用程序接口来处理请求，您可以通过urllib最容易地使用这些应用程序接口。我猜有很多示例脚本已经在做PDB (快速谷歌带来的this one)或类似的东西了，所以这些可能是很好的起点。
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原文链接：
https://stackoverflow.com/questions/7410953
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