C++，文件I/O...我有一个.txt文件，我必须扫描它的外显子和内含子，并将它们写到单独的文件中
程序将从输入file中顺序读取DNA数据，当它遇到外显子和内含子时，它会将它们写出到单独的file中。发现的第一个fi外显子将写入exon1.txt，发现的第二个外显子将写入exon2.txt，依此类推...类似地，发现的第一个fi内含子将被写入到intron1.txt中，发现的第二个内含子将被写入到intron2.txt中，依此类推……
外显子是一个密码子序列，总是以密码子ATG开始，以以下密码子之一结束: TAA、TGA或TAG。任何不以这些密码子开始或终止的序列都是一个内含子.While，它扫描数据中的外显子和内含子，只向前扫描并寻找不重叠的外显子和内含子。如果遇到一个外显子起始符号( ATG )，并且在遇到一个终止密码子之前遇到另一个ATG，这并不意味着新的外显子已经启动。
我知道如何读取文件，并且我已经将其存储在全局数组中。数组更可取，我也可以使用字符串。
const int MAX_DNA = 50000;
char dnaData[MAX_DNA];
int readFromDNAFile(string fileName) {
int returnValue = 0;
ifstream fileHandle;
fileHandle.open(fileName.c_str());
if( fileHandle.good() ) {
char nucleotide;
int counter = 0;
while( fileHandle >> nucleotide ) {
dnaData[counter] = nucleotide;
counter++;
}
returnValue = counter;
}
fileHandle.close();
return returnValue;
}我真的不知道如何实现下一步做什么，我确信我必须使用一个循环来命名外显子和内含子的txt文件，然后再使用另一个循环来扫描和存储它。
void readFiles(string filename){
for(int i = 0; i < numFiles; i++) {
//ill open up the file here to read
for(int j = 0; j < numCodons; j++) {任何努力都将受到感谢，谢谢。
回答 2
Stack Overflow用户
发布于 2013-04-13 15:43:16
"im sure i have to use a loop for naming the txt files for exons and introns"你说你需要为内含子和外显子创建两个文件，所以你实际上不需要有循环。
int main(){
ifstream dna("dna.txt");
ofstream exons("exons.txt");
ofstream introns("intron.txt");
while(!dna.eof()){
string current_line;
dna >> current_line;
//if (line belongs to exons){
// exon1 << current_line
//}
//else(belongs to introns){
// introns << current_line
//}
}
//close files
}这不是很好吗？我不明白为什么需要将数据存储在数组中。
Stack Overflow用户
发布于 2013-04-13 15:55:30
如果我没理解错的话，除了外显子开始/结束密码子之外，你没有其他的分隔符--换行等不重要？
我猜你计划在处理过程中将数据存储在一个数组中，因为如果你启动了一个exon，但没有完成它，那么它就会被算作一个内含子？
但是你不需要把所有的数据都存储在内存中--只需要打开两个文件句柄即可。将一个放在当前外显子的开头，使用另一个向前扫描。当您到达exon的末尾时，您可以将其输出到它的文件中。内含子可以立即输出到另一个文件。
https://stackoverflow.com/questions/15985394
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