在R中使用bartMachine包的java.lang.OutOfMemoryError
我运行了一个包含11000个样本和20个特征(其中一半是分类变量)的BART模型。我的mac有8G内存。首先，我通过函数set_bart_machine_memory( 5000 )将内存设置为5000MB。
然后，我可以通过函数bartMachine对模型进行一次拟合。如果我想运行另一个模型，那么R返回一个错误，如下所示：
Exception in thread "pool-10-thread-1" Exception in thread "pool-10-thread-3"
java.lang.OutOfMemoryError: Java heap space
java.lang.OutOfMemoryError: Java heap space
Exception in thread "pool-10-thread-2" java.lang.OutOfMemoryError: Java heap space
Exception in thread "pool-10-thread-4" java.lang.OutOfMemoryError: Java heap space
Error in .jcall(bart_machine$java_bart_machine, "Z", "isDestroyed") :
java.lang.OutOfMemoryError: Java heap space我认为在内存中有两个bartMachine对象可能不是一个好主意，所以我只需要通过函数destroy_bart_machine()杀死第一个模型，然后第二个模型就可以运行了。
主要问题在bartMachineCV()上。默认情况下有大约20个模型可供拟合，当R使用第二组参数设置运行bart模型时，出现了类似上面的内存错误(即: bartMachine CV try: k: 2 nu，q: 3，0.9 m: 200 )。
我不熟悉JAVA，有没有什么方法可以在8GBRAM的计算机上运行bartMachineCV()？谢谢。
回答 2
Stack Overflow用户
发布于 2015-06-14 12:14:48
我是bartMachine包的维护者。确保下载新版本，并注意初始化库后出现的消息：
> library(bartMachine)
...
Welcome to bartMachine v1.2.0! You have 0.48GB memory available.如果您在消息上看到内存不足，则说明您的JVM设置有问题。64位JVM是必须的。使用
options(java.parameters = "-Xmx2500m")在调用library(bartMachine)尝试设置更多之前。
Stack Overflow用户
发布于 2014-09-17 23:19:11
您需要运行64位Java JVM；32位JVM最多只能提供大约1.8 to的堆。我建议您使用JDK 7或更高版本；这是目前用于Oracle的产品。
完成后，您可以像这样设置JVM内存设置：
http://www.oracle.com/technetwork/java/javase/tech/vmoptions-jsp-140102.html
你会想要设置-Xmx=1024M或者类似的东西。
https://stackoverflow.com/questions/25922080
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