我们使用https://main.g2.bx.psu.edu/上的银河缝合MAF块功能。
1)生成我的新组装的转录本的BED文件(基于人类参考基因组的坐标。下面称为"human_refseq_nooverlap_bed“的文件);
2)登录银河官网。获取数据->上传文件->文件格式:“床”,文件:点击选择"human_refseq_nooverlap_bed",基因组:"Human Feb. 2009 (GRCh37/hg19) (hg19)“
3) Fetch Alignment -> Stitch MAF blocks -> Stitch:"human_refseq_nooverlap_bed",MAF来源:"Locally Alignments";

4) MAF类型为空。你能帮我吗,谢谢。
发布于 2014-03-28 22:23:07
在您的床文件上,在编辑属性框中检查自动检测。然后再运行一次MAF,它应该可以工作!
https://stackoverflow.com/questions/18839774
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