将shell脚本的输出组织到文本文件中的表中
将shell脚本的输出组织到文本文件中的表中
提问于 2015-02-26 03:01:49
我正在使用一个unix shell脚本，它可以构建基因组，然后创建一个系统发展史。根据您使用的基因组组装器，最终输出(系统发生图)可能会发生变化。我希望比较使用不同基因组组装器的效果。我已经开发了一些指标来比较它们，但我需要帮助组织它们，以便我可以运行有用的分析。我想将我的数据按列导入excel中。
这是我用来输出数据的脚本：
echo "Enter the size (Mb or Gb) of your data set:"
read SIZEOFDATASET
echo "The size of your data set is $SIZEOFDATASET"
echo "Size of Data Set:" >> metrics_file.txt
echo $SIZEOFDATASET >> metrics_file.txt
echo "Enter the name of your assembler"
read NAMEOFASSEMBLER
echo "You are using $NAMEOFASSEMBLER as your assembler"
echo "Name of Assembler:" >> metrics_file.txt
echo "$NAMEOFASSEMBLER" >> metrics_file.txt
echo "Time:" >> metrics_file.txt当前的输出如下所示：
Size of Data Set:
387 Mb
Name of Assembler:
Velvet
Genome Size:
1745690
Time:我希望它看起来像这样：
提前感谢！
回答 2
Stack Overflow用户
发布于 2015-02-27 08:21:18
#!/bin/sh
in_file=in.txt # Input file
params=3 # Parameters count
res_file=$(mktemp) # Temporary file
sep=' ' # Separator character
# Print header
cnt=0
for i in $(cat $in_file | head -$((params*2))); do
if [ $((cnt % 2)) -eq 0 ]; then
echo $i
fi
cnt=$((cnt+1))
done | sed ":a;N;\$!ba;s/\n/$sep/g" >>$res_file
# Parse and print values
cnt=0
for i in $(cat $in_file); do
# Print values, skip param names
if [ $((cnt % 2)) -eq 1 ]; then
echo -n $i >>$res_file
fi
if [ $(((cnt+1) % (params*2))) -eq 0 ]; then
# Values line is finished, print newline
echo >>$res_file
elif [ $((cnt % 2)) -eq 1 ]; then
# More values expected to be printed on this line
echo -n "$sep" >>$res_file
fi
cnt=$((cnt+1))
done
# Make nice table format
cat $res_file | column -t
rm -f $res_file解释
此脚本假定：
参数输入文件称为“
- ”(请参阅question
- result表中描述的in_file 文件应具有3列的格式(请参见in_file variable)
大部分代码只是解析您的输入数据格式。实际的列格式设置是由column工具完成的。
如果您想将此表导出到excel中，只需将sep变量更改为','，并将结果输出保存到.csv文件。该文件可以方便地导入到excel应用程序中。
示例
输入文件：
Size
387
Name
Velvet
Time
13
Size
31415
Name
Minia
Time
18
Size
31337
Name
ABCDEF
Time
42脚本输出：
Size Name Time
387 Velvet 13
31415 Minia 18
31337 ABCDEF 42Stack Overflow用户
发布于 2015-02-27 23:30:48
Sam的回答完全符合您的要求，但您也可以考虑使其更精简，避免将指标文件转换为表的需要，只需立即编写表即可。例如，像这样编写一个脚本，user_input.bash：
echo "Enter the size (Mb or Gb) of your data set:" > /dev/stderr
read SIZEOFDATASET
echo "The size of your data set is $SIZEOFDATASET" > /dev/stderr
echo "Enter the name of your assembler" > /dev/stderr
read NAMEOFASSEMBLER
echo "You are using $NAMEOFASSEMBLER as your assembler" > /dev/stderr
echo "Enter Time:" > /dev/stderr
read TIME
echo "You entered Time:" $TIME > /dev/stderr
echo "Name Size Time"
echo $NAMEOFASSEMBLER $SIZEOFDATASET $TIME要使用program：
./user_input.bash > metrics.file.1.txt
./user_input.bash > metrics.file.2.txt
./user_input.bash > metrics.file.3.txt
...collect all results：
head -n 1 metrics.file.1.txt > allmetrics.txt
tail -n +2 -q metrics.file.*.txt > allmetrics.txtHTH
页面原文内容由Stack Overflow提供。腾讯云小微IT领域专用引擎提供翻译支持
原文链接：
https://stackoverflow.com/questions/28727449
复制相关文章
相似问题
腾讯云开发者
