问是否允许在conda环境中使用系统python？

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您需要编辑所有用户shell运行命令，例如.bashrc文件，以便将anaconda的bin目录添加到路径export PATH=~/anaconda/bin:$PATH，而在根运行命令中添加export PATH=$PATH:~/anaconda/bin。在这两种情况下，您都可以访问conda命令。您可以通过输入$env python --version来检查将运行哪个python。您还可以使用$type -a python检查哪些其他版本将可用，以及它们的优先级顺序(如果其他版本已删除)。当然，请确保您的可执行python文件具有#!/usr/bin/env python，而不是其他直接指向python可执行文件的路径。要获得更多信息，Google BASH Shell可以查询类似http://www.cyberciti.biz/tips/an-example-how-shell-understand-which-program-to-run-part-ii.html的查询。

只需从~/miniconda3/bin/中删除python符号链接就可以完成这项工作。

$ which python           
/home/naught101/miniconda3/bin/python
$ rm /home/naught101/miniconda3/bin/python
$ which python                            
/usr/bin/python
$ source activate science                 
discarding /home/naught101/miniconda3/bin from PATH
prepending /home/naught101/miniconda3/envs/science/bin to PATH
(science)$ which python           
/home/naught101/miniconda3/envs/science/bin/python
(science)$ source deactivate                       
discarding /home/naught101/miniconda3/envs/science/bin from PATH
$ which python     
/usr/bin/python

到目前为止，这似乎还没有给我带来任何问题。不幸的是，同样的方法不适用于~/miniconda/bin/python3，因为当切换到使用相同python版本的其他环境时，conda需要它。然而，这一点从一开始就没有引起那么多的问题。

如果这确实造成了问题，可以很容易地撤消，只需撤消cd ~/miniconda/bin/; ln -s python3 python (或者在conda root env中使用的任何版本的python )。您可能需要激活/停用一个env，以使该版本的python重新回到您的路径上。