bash脚本-循环遍历文件并添加到不同的变量
bash脚本-循环遍历文件并添加到不同的变量
提问于 2020-01-17 04:24:04
我有一些文件的名称如下：
0195_R1.fastq
0195_R2.fastq
0196_R1.fastq
0196_R2.fastq
0197_R1.fastq
0197_R2.fastq诸若此类。
我需要为每一对文件( R1和R2彼此对应)运行一个软件，如下所示：
bowtie2 -x index_files -1 0195_R1.fastq -2 0195_R2.fastq -S 0195_output.sam如果有多个对，我将不得不多次运行。因此，我尝试使用for循环编写一个bash脚本，但没有成功。另外，我不知道如何按顺序重命名输出。
我尝试过以下几种方法：
for R1 in $FQDIR/*_R1.fastq; do
for R2 in $FQDIR/*_R2.fastq; do
bowtie2 -x index_files -1 $R1 -2 $R2 -S $N_output.sam
done
done我该怎么办？
回答 1
Stack Overflow用户
回答已采纳
发布于 2020-01-17 04:31:26
如果遍历所有R1和R2文件，将对所有可能的数据文件对运行bowtie。如果我理解正确的话，这不是您想要的-您只想处理相应的对。
为此，只需循环遍历R1文件，并尝试查找每个文件对应的R2文件：
#!/bin/bash
fqdir=...
for r1 in "$fqdir"/*_R1.fastq; do
r2=${r1%_R1.fastq}_R2.fastq
if [[ -f $r2 ]] ; then
bowtie2 -x index_files -1 "$r1" -2 "$r2" -S "$N"_output.sam
else
echo "$r2 not found" >&2
fi
done我不确定$N代表什么。也许你可以使用$r1来代替？
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原文链接：
https://stackoverflow.com/questions/59777276
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