问我能以某种方式避免给下标一个真正的文件吗？
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Stack Overflow用户

提问于 2015-03-04 16:40:41

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我必须为一个巨大的蛋白质组文件计算很多东西，因为我在数据集中有大约30000个蛋白质组。我有一个脚本，其中有许多需要单个蛋白质文件的子脚本

在perl中：

my output = `somescript -do_something -with_this_single_protein_file`

我想问，有什么方法可以避免将数据集分割成30000个文件，每个文件包含一个蛋白质？也许在Python语言中，有一种方法可以给Popen一个stringIO，一个文件处理程序或者别的什么？

谢谢，加博

发布于 2015-03-04 17:44:32

您可以使用Bash的process substitution自动创建所需的临时文件。

while(<DATASET>) {
   my $output = system("/bin/bash", "-c", "somescript -do_something -with_this_single_protein_file <(echo \"$_\")");
}

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原文链接：

https://stackoverflow.com/questions/28849902

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