问biopython的DSSP类是否给出了氨基酸的相对溶剂可及性值？
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Stack Overflow用户

提问于 2015-07-01 01:37:57

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我想有一个蛋白质中氨基酸的相对溶剂可达性，目前，使用的DSSP模块的生物。我不确定输出是否具有rsa (相对溶剂可及性)，或者是否需要计算它？任何帮助都将不胜感激。谢谢。

发布于 2015-07-03 20:21:05

简短的回答是:是的。它输出每个残基类型的归一化。https://github.com/biopython/biopython/blob/master/Bio/PDB/DSSP.py第44行

它按照Sander & Rost，(1994)，Proteins，20:216-226说明进行正常化。问题是，这对你来说足够了吗？可能不是。注意，biopython代码不允许RSA大于1，这是有意义的，但我会发出警告，而不是默默地限制这个数字。

也有其他方法可以让它正常化。

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