Q: ggbiplot _ Foreground箭头；更改箭头颜色
我有一个很大的数据集，并试图绘制一个PCA。我对结果图相当满意，但我想要更改几件事：
箭头:它们看起来像是在背景中，并被数据点覆盖。1)如何突出它们? 2)如何更改颜色和喜欢的大小？
省略: 3)如何使线条更粗？
图例4)如何放在图的右上角？
提前感谢！！
下面是我是如何得到这个图表的：
g <- ggbiplot(LS_3.pca, choices = 1:2, scale = 1, pc.biplot =
TRUE, obs.scale = 1, var.scale = 1, groups =
LS.loc, ellipse = TRUE, ellipse.prob = 0.98, labels =
NULL, labels.size = 5, alpha = 0.25, circle
= FALSE, circle.prob = 0.69, varname.size = 5,
varname.adjust = 1.5, varname.abbrev = FALSE, var.axes = TRUE)
g <- g + xlim(-8, 6) + ylim(-4, 6)
g <- g + theme_classic()
print(g)回答 2
Stack Overflow用户
发布于 2015-12-07 22:09:39
ggbiplot返回一个"ggplot“类的对象。如果你检查这个对象，你会发现它包含一个名为"layers“的列表。geom_segment层显示在geom_point层之前。你想重新排序这些。如果geom_segment层是第2层(共4层)，则可以执行以下操作(例如)：
myplot$layers <- c(myplot$layers, myplot$layers[[2]])这将在列表的末尾附加一个额外的图层(绘制箭头)，并且该图层将在绘制完点(在上一个图层中)之后绘制。这种攻击足以提供您所需的功能。
编辑:我意识到这个答案只涵盖了将箭头放在前台的问题。这是我遇到的一个问题，所以我在这里提供我的解决方案供其他人使用。要解决其他问题，我建议在控制台输入：
ggbiplot不带括号，它将列出函数体。剪切并粘贴到一个新的R脚本中，该脚本定义了一个新函数(例如，“my_ggbiplot”)和hack，以获得您想要的东西。这不是一个很长的函数，而且很容易弄清楚所有的功能。但是，为了突出箭头，上面的一行修复将起作用。
Stack Overflow用户
发布于 2018-03-29 00:09:58
我对ggbiplot的局限性感到沮丧，所以从函数中复制了代码段，以便在标准的ggplot调用中使用。
# Load data
DATA <- data.frame(iris)
# Do PCA
PCA <- prcomp(iris[,1:4])
# Extract PC axes
PCAvalues <- data.frame(Species = iris$Species, PCA$x)
# Extract loadings of the variables
PCAloadings <- data.frame(Variables = rownames(PCA$rotation), PCA$rotation)
# Calculate the angles and the label offset
PCAloadings$Angle = ((180/pi) * atan(PCAloadings$PC2/PCAloadings$PC1))
PCAloadings$Offset <- ((-2 * sign(PCAloadings$PC1))/2)
# Plot
ggplot(PCAvalues, aes(x = PC1, y = PC2, colour = Species)) +
stat_ellipse(level = 0.95, size = 2, show.legend = FALSE) +
geom_point(size = 3) +
geom_segment(data = PCAloadings, aes(x = 0, y = 0, xend = (PC1), yend = (PC2)),
arrow = arrow(length = unit(1/2, "picas")), color = "black") +
geom_text(data = PCAloadings, aes(label = Variables, x = (PC1), y = (PC2)),
color = "black", size = 4, angle = PCAloadings$Angle, hjust =
PCAloadings$Offset) +
theme_classic() +
theme(legend.justification = c(1,1), legend.position = c(1,1))答案：
Q1。-正如@Andrew John Lowe在他的回答中所说的那样，层是按照您输入的顺序生成的，所以如果geom_segment行是最后一行，它将出现在顶部。
Q2。-使用geom_segment调用中的colour参数更改箭头颜色。更改geom_text调用中标签的字体size。
Q3。-再次更改stat_ellipse调用中的size参数。
Q4。+ theme调用将解决这个问题，c(1,1)指示图例应该出现在绘图中的哪个位置，0在左边，1在右边。
这并不完全理想，因为您必须手动指定箭头标签的PCAloadings$Offset，并且可能需要进行一些试验和错误才能获得所需的距离，甚至需要在每个标签的数据框中输入自定义数字。但是，您现在可以像往常一样自由地使用ggplot的其余部分。
https://stackoverflow.com/questions/31185522
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