在R中使用"foreach()“函数时，如何创建进度条？
有一些关于如何在R程序中为循环创建计数器的信息文章。但是，在使用带有"foreach()“的并行化版本时，如何创建类似的函数？
回答 7
Stack Overflow用户
发布于 2014-10-23 08:52:40
Linux :在 to doSNOW包之后，当使用 %dopar% 时，显示一个漂亮的进度条变得非常简单，它可以在，Windows和OS X上运行
doSNOW现在通过.options.snow参数正式支持进度条。
library(doSNOW)
cl <- makeCluster(2)
registerDoSNOW(cl)
iterations <- 100
pb <- txtProgressBar(max = iterations, style = 3)
progress <- function(n) setTxtProgressBar(pb, n)
opts <- list(progress = progress)
result <- foreach(i = 1:iterations, .combine = rbind,
.options.snow = opts) %dopar%
{
s <- summary(rnorm(1e6))[3]
return(s)
}
close(pb)
stopCluster(cl) 还有另一种跟踪进度的方法，如果您牢记迭代的总次数，则设置.verbose = T，因为这将向控制台打印已完成的迭代。
针对Linux和OS X的以前的解决方案
在Ubuntu14.04 (64位)和OS (El Capitan)上，如果在makeCluster函数中设置了oufile = ""，即使使用%dopar%也会显示进度条。它似乎不能在Windows下工作。从有关makeCluster的帮助
outfile:从工作进程定向stdout和stderr连接输出的位置。"“指示无重定向(这可能仅对本地计算机上的工作进程有用)。默认为‘/dev/null’(在Windows上为‘nul：’)。
示例代码：
library(foreach)
library(doSNOW)
cl <- makeCluster(4, outfile="") # number of cores. Notice 'outfile'
registerDoSNOW(cl)
iterations <- 100
pb <- txtProgressBar(min = 1, max = iterations, style = 3)
result <- foreach(i = 1:iterations, .combine = rbind) %dopar%
{
s <- summary(rnorm(1e6))[3]
setTxtProgressBar(pb, i)
return(s)
}
close(pb)
stopCluster(cl) This是进度条的外观。它看起来有点奇怪，因为每次进度条都会打印一个新的条，而且工人可能会有一点滞后，这会导致进度条偶尔来回移动。
Stack Overflow用户
发布于 2012-06-11 22:52:38
此代码是doRedis example的修改版本，即使在使用具有并行后端的%dopar%时也会出现进度条：
#Load Libraries
library(foreach)
library(utils)
library(iterators)
library(doParallel)
library(snow)
#Choose number of iterations
n <- 1000
#Progress combine function
f <- function(){
pb <- txtProgressBar(min=1, max=n-1,style=3)
count <- 0
function(...) {
count <<- count + length(list(...)) - 1
setTxtProgressBar(pb,count)
Sys.sleep(0.01)
flush.console()
c(...)
}
}
#Start a cluster
cl <- makeCluster(4, type='SOCK')
registerDoParallel(cl)
# Run the loop in parallel
k <- foreach(i = icount(n), .final=sum, .combine=f()) %dopar% {
log2(i)
}
head(k)
#Stop the cluster
stopCluster(cl)你必须提前知道迭代次数和组合函数。
Stack Overflow用户
发布于 2016-02-11 09:27:02
现在，使用parallel包可以做到这一点。在使用"PSOCK"-type集群的RStudio内部运行的OSX10.11上使用R 3.2.3进行了测试。
library(doParallel)
# default cluster type on my machine is "PSOCK", YMMV with other types
cl <- parallel::makeCluster(4, outfile = "")
registerDoParallel(cl)
n <- 10000
pb <- txtProgressBar(0, n, style = 2)
invisible(foreach(i = icount(n)) %dopar% {
setTxtProgressBar(pb, i)
})
stopCluster(cl)奇怪的是，它只有在style = 3中才能正确显示。
https://stackoverflow.com/questions/5423760
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