我正在寻找一个python包,我可以用它来模拟非平衡情况下的分子动力学。我需要一个装置,它可以以主要的动力学理论方式处理相当多的分子,并且可以处理固体表面的存在。关于表面,我需要能够创建任意形状,并监控由分子作用产生的压力和其他变量。或者,如果我有可以处理它的分子,我可以自己添加表面部分。
有没有人知道什么包可能是合适的?
发布于 2010-03-03 12:13:27
你有没有考虑过?SimPy是一个相当通用的离散事件仿真软件包,但可以很好地满足您的需求。
更好的是, (MMTK)看起来更专业了。
我都没用过,但这听起来很有趣。Python作为一种语言,似乎在模拟软件中处于特权地位,通过它,人们可以编写模型的特定细节,同时依赖于所有常见逻辑的框架,例如调度、可视化、监控等。未知的是,当提供与生物模型相称的代理数量时,这些工具包的规模有多大(顺便说一句,这有多“大”?)
发布于 2010-03-03 15:47:45
Lampps和gromacs是两个著名的分子动力学程序。这些代码都有一些基于python的包装器,但我不确定包装器公开了多少功能。它们可能无法让您对模拟进行足够的控制。
谷歌搜索"GromacsWrapper“或谷歌搜索"lammps”和"pizza.py“
数字材料和ASE是两个分子动力学代码,它们暴露了许多功能,但据我所知,它们都是相当专业的。它们可能不允许你使用你想要的力势。
谷歌搜索“数字材料”和“康奈尔”,或者谷歌搜索"ase“和dtu
MJV请注意:正常的MD代码一次执行一个时间步长,并且它们在每个时间步长中移动所有粒子。大部分时间都花在计算每个原子上的总力上。这涉及到对相邻原子对的列表进行迭代。我认为最好的想法是用c++或fortran进行力计算和一些基础知识,然后用Python语言包装这些功能。(但看看通过使用numpy矩阵可以走多远可能很有趣)
发布于 2016-04-21 11:32:14
以下程序可用于运行MD模拟:
以下Python包对于准备和分析MD轨迹很有用:
https://stackoverflow.com/questions/2368671
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