我正在基于这个paper的第5页中的线性问题构建一个玩具数据集,以便使用带rbf内核的插入符号RFE+SVM测试特征选择。但是,当RFE完成时,我在每次引导迭代时都会收到一条警告,消息如下:"In data.row.names( row.names,rowsi,i):some row.names duplicated:“后面跟着许多行号,直到输出被截断。
这是因为bootstrap可能会选择带有替换的样本,从而复制引导数据中的行,还是存在其他问题?感谢您的建议(请原谅人工数据集的懒惰实现)。
library(caret)
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# 1. Building dataset
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set.seed(1)
n.samples <- 500
y <- round(runif(n = n.samples, min=0, max=1))
data <- matrix(nrow=n.samples, ncol=202)
for(i in 1:n.samples){
toss <- runif(n=1, min=0, max=1)
if(toss <= 0.7) {
for(j in 1:3){
data[i,j] <- y[i]*rnorm(n = 1, mean = i, sd = 1)
}
for(j in 4:6){
data[i,j] <- rnorm(n = 1, mean = 0, sd = 1)
}
} else {
for(j in 1:3){
data[i,j] <- rnorm(n=1, mean=0, sd=1)
}
for(j in 4:6){
data[i,j] <- y[i]*rnorm(n=1, mean=i-3, sd = 1)
}
}
for(j in 7:202){
data[i,j] <- rnorm(n = 1, mean = 0, sd = 20)
}
}
colnames(data) <- c(paste("s", 1:6, sep = ""), paste('ns', 7:202, sep=''))
rownames(data) <- paste('sample', 1:n.samples, sep='')
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# 2. Perform SVM - RFE
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set.seed(1)
rfe.control.settings <- rfeControl(functions = caretFuncs,
method = 'boot',
number = 30,
verbose = TRUE)
svm.fit <- rfe(x=data,
y=y,
sizes=c(1,2,3,4),
rfeControl = rfe.control.settings,
method = 'svmRadial') #passing options to train / caretFuncs发布于 2016-03-04 00:09:11
我也面临着同样的问题,解决这个问题的方法是将数据类从matrix更改为data.frame。
https://stackoverflow.com/questions/33628832
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