使用R绘制分类数据图
使用R绘制分类数据图
提问于 2011-04-23 06:44:16
我有一个蛋白质名称(P1，P2，...，Pn)的列表，它们被分为三个不同的表达水平高(H)，中(M)和低(L)，在三个实验条件(Exp1，Exp2和Exp3)中测量。
我想在图的下部画一张图，左边是蛋白质的名称，上边是实验的名称，高、中、低三类分别以红、蓝、绿表示。
我是R的新手，如果能帮上忙我会很感激。
提前感谢
回答 2
Stack Overflow用户
回答已采纳
发布于 2011-04-23 07:27:41
您可以创建一个数据格式为(制表符分隔)的文件：
pv exp val
1 1 H
2 1 L
3 1 L
4 1 M
1 2 H
2 2 H
3 2 M
4 2 H
1 3 L
2 3 L
3 3 L
4 3 M并使用以下命令对它们进行抓取和绘制：
mat <- read.table(file.choose(),header=T) #将文件读入内存
attach(mat) #将头部名称映射到变量名称
plot(pv~exp,col=val) #将类别相互对比，并使用val (H,M,L)作为颜色数组。R会自动将这些值分配给颜色。也可以使用val数组创建颜色数组，将(H，M，L)转换为(Blue，Red，Green)...但是，还有其他文档可以说明这一点。
Stack Overflow用户
发布于 2011-04-24 23:39:53
这里有一种方法，它使用了ggplot2和reshape2包的一些魔力。
首先，以您描述的格式重新创建数据：
df <- data.frame(
P = paste("P", 1:4, sep=""),
Exp1 = c("L", "H", "L", "M"),
Exp2 = c("M", "M", "L", "H"),
Exp3 = c("H", "L", "L", "M"))接下来，加载附加组件包：
library(reshape2)
library(ggplot2)然后，使用melt()将数据从宽格式转换为高格式。id变量是"P"，我们告诉函数将“变量”重命名为"Exp"：
mdf <- melt(df, id.vars="P", variable="Exp")因为L-M-H具有语义顺序，所以我们使用factor()的ordered参数来通知R此顺序：
mdf$value <- factor(mdf$value, levels=c("H", "M", "L"), ordered=TRUE)最后，我们准备绘制您的数据：
ggplot(mdf, aes(x=Exp, y=P, colour=value)) +
geom_point(size=3) +
scale_colour_manual(value=c("red", "green", "blue")) +
xlab("") +
ylab("")
页面原文内容由Stack Overflow提供。腾讯云小微IT领域专用引擎提供翻译支持
原文链接：
https://stackoverflow.com/questions/5760765
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