问是否将ib_logfiles包含在备份中？

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以您所描述的方式备份数据库是不安全的。

原因是您无法知道某些数据页是否仍在MySQL服务器的内存中，等待I/O刷新到磁盘。因此，无论是否包含ib_log文件，复制文件都很有可能复制垃圾文件。

不要做你正在做的事情。使用mysqlbackup或InnoDB的Hot Backup产品。

编辑：

请阅读Farhan Mashraqi关于InnoDB Performance Optimization的博客文章，他在文章中说，如果您已经关闭了ib_log服务器，您可以删除MySQL文件。

InnoDB日志大小调整:不像更改选项和重新启动那么简单。您需要关闭MySQL服务器，并确保其正常关闭(请查看错误日志以确认错误)。然后移走InnoDB日志文件ib_log*。然后启动MySQL服务器并检查错误日志文件，以查看它是否成功创建了新的日志文件。

所以，是的，您应该只能复制ibdata文件的文件系统。您不需要包含ib_log文件，因为它们应该在MySQL服务器启动时重新创建。但是，我重申，我不建议使用文件系统副本备份数据库。

假设您现在使用MySQL 5.0以这种方式备份数据库。有一天，您需要恢复备份，但到那时，您将使用一些未来的版本，例如MySQL 6.5。在该未来版本中，ib_data文件是否仍使用相同的内部格式？MySQL 6.5会读取你今天备份的那些文件吗？你不能确定。备份格式旨在使其更易于移植。