问如何为多文件程序集设置ClickOnce

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1. 右键点击项目，点击Add->Existing Item菜单，弹出项目添加对话框，
2. 选择.netmodule文件，点击OK，将其添加到我们的项目中，
3. 右键点击所有.netmodule文件，显示属性对话框，
4. 设置Build Action属性为Content，设置Copy to output Directory属性，若要复制项目，文件将复制到项目属性对话框的主输出中。选择发布选项卡。
5. 单击应用程序文件按钮以显示应用程序文件对话框。
6. 我们将在对话框中看到.netmodule文件。我们可以将散列更改为包含/排除，以在发布文件中包含/排除文件。

参考：MSDN

您是否考虑过将DLL拆分成更小、更易于管理的DLL？同样的目标也会实现，你会有更好的模块性，以及更小的DLL供ClickOnce监控和下载给用户。

这对你的应用程序来说应该是双赢的。

另一种选择是为您的部署创建补丁。您必须创建MSP文件，而不是MSI。

在这里可以找到一些很好的例子：

http://social.msdn.microsoft.com/Forums/en-US/winformssetup/thread/9ed4f13a-fea4-4a5c-b388-801cabdd339b

还有这里：

http://shreeman.spaces.live.com/blog/cns!E1AF7EB63FAA1FF!347.entry

我希望这会对你有所帮助。