关于Volacano图的一个问题
关于Volacano图的一个问题
提问于 2011-01-20 10:45:53
我试图用一些真实的数据绘制一个火山图，使用log2(比率)和Z值重要性。然而，这些点的散布太少了，与“正常”的火山图相反，我得到了一个尖锐的“V”字形的图。
我知道，如果一个人对相同的X值有不同的Y值，就会出现散射。但是我在这里错过了什么呢？
剧情看起来很奇怪：http://img402.imageshack.us/i/volcanoi.jpg/
数据(比率)可从粘贴箱或附件中获得：http://pastebin.com/m2Jss3qF
R代码:我是不是做错了什么？
data <- read.table("data.txt",header=FALSE)
ratio <- data$V1
ratio.mean <- mean(ratio)
ratio.sd <- sd(ratio)
ratio.log <- log2(ratio)
z <- (ratio-ratio.mean)/(ratio.sd)
z.sig <- 2*pnorm(-abs(z))
z.tsig <- 2*pt(-abs(z),df=length(ratio)-1) ## sig from t-dist
op <- par(mfrow=c(1,4))
plot(ratio.log,-log10(z.sig))
plot(ratio.log, -log10(z.tsig))
plot(ratio.log,z.sig)
plot(ratio,z)
par(op)回答 1
Stack Overflow用户
回答已采纳
发布于 2011-01-20 23:20:11
我对您的数据的含义以及为什么要以这种方式生成p值感到有点困惑。
无论如何，火山图通常在x轴上有褶皱差，在y轴上有p值。你得到了一个奇怪的形状，因为从本质上讲，你是根据一个特定的数据点离数据均值的距离来生成p值的(这有点奇怪)。
考虑平均值以上的数据。随着数据点越来越接近平均值，相关的p值单调增加。相反，折叠变化也是单调减少的。
页面原文内容由Stack Overflow提供。腾讯云小微IT领域专用引擎提供翻译支持
原文链接：
https://stackoverflow.com/questions/4742999
复制相关文章
相似问题
腾讯云开发者
