问为什么查询中没有使用特定的索引？

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生成的计划必须在这两种情况下都有效。有一个阈值，在这个阈值上，对聚集索引的范围搜索比对非聚集索引的完全扫描更昂贵，原因很简单，因为聚集索引非常宽(它包括叶级别中的每一列)，因此有如此多的页面要迭代。

您可以提供一个专门针对此查询的窄索引：

CREATE INDEX WorkflowSubId ON Workflow(ID, SubId);

或者：

CREATE INDEX WorkflowSubId ON Workflow(ID) INCLUDE (SubId);

假设你的PK是一个身份或者总是大于0，也许你可以尝试这样做：

Select Distinct(SubID) 
From Workflow 
Where ID >= @LastSeenWorkflowID
    And ID > 0

通过添加第二个条件，可能会导致优化器使用索引查找。

这是一个典型的局部变量产生次优计划的例子。

您应该使用OPTION (重新编译)来使用ID的实际参数值来编译您的查询。

有关更多信息，请参阅我的博客：http://www.sqlbadpractices.com/using-local-variables-in-t-sql-queries/