MD轨迹上的径向密度分布
MD轨迹上的径向密度分布
提问于 2016-03-28 23:33:28
我有一个水箱中胶束的分子动力学轨迹。对于每一帧，我想要得到胶束的质心( COM )，并计算从COM到水箱侧面的水分子密度。有人知道最好的方法是什么吗？我想知道以前是否有人处理过这样的问题。
谢谢Sadegh
回答 1
Stack Overflow用户
发布于 2016-03-29 23:27:40
首先，许多有用的命令以及如何使用它们都是用here编写的。
你应该选择你的脂类(我假设胶束是由磷脂构成的)，而不是通过类型-脂类来选择：
set sel1 [atomselect top "lipids"]或者通过重命名：
set sel1 [atomselect top resname DPC]然后：
center_of_mass $sel1计算从COM到水箱侧面的水分子密度
我不知道你到底在说什么--胶束里有水分子吗？或者水盒是水分子在一定距离内的胶束？请给一些更多的信息(最好是一些系统的照片与描述)。
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原文链接：
https://stackoverflow.com/questions/36265547
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