我必须比较5个床文件的重叠或共享区域,并制作重叠区域的维恩图。
我可以使用pybedtools,但它最多只能支持3个文件。或者我找到了http://bioinformatics.psb.ugent.be/webtools/Venn/
它看起来像是一个很好的工具,但我知道如何对我的数据进行编码以找到重叠。
发布于 2016-04-01 07:35:38
我认为你不能把你想要的东西叫做维恩图。建议将比较分解为一次不超过三个,并使用area proportional ellipses获得足够好的近似值。(看起来你的链接是一个类似的工具)
发布于 2016-04-01 08:05:24
你包含的链接可以做你所要求的事情,你只需要要求它添加更多的文件来适应你的五个文件集。
我只使用了“列表”版本,它很好地绘制了五个不同的点,然而,它需要它作为每行一个数据点条目列出。我只是以字母表为例。
列表一:(命名为元音)
一个
E
我
O
U(记住每行一个字母)
列表二:猫
C
一个
T
清单三:哭
C
R
是
现在,单击add another list按钮...
清单四:狗
D
O
G
清单五:鱼类
F
我
S
H
然后计算,如果您滚动到结果的底部,您将获得每个联合的特定于文本的映射和内容。
命名所有元素猫元音1 a
猫哭1 c
狗字元音1 o
鱼元音1 i
类别1 t
狗2%d%g
元音2 e u
鱼3 s h f
哭声2 r y
https://stackoverflow.com/questions/36336204
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