我正在使用由第三方通过sqlalchemy创建的现有数据库。然而,我遇到了麻烦,因为表没有主键,更糟糕的是,它们的每一行都有重复的元素,所以我不能选择现有的列作为主键。这些表有两列:它们的值都不是唯一的。
我尝试按照http://www.blog.pythonlibrary.org/2010/09/10/sqlalchemy-connecting-to-pre-existing-databases/对表进行修补,但显然这不起作用(见下文)
我当前的代码是(MirnaTable是我的映射类,基本上只是一个框架,没有其他东西)
connection = create_engine("sqlite:///targets.sqlite")
metadata = MetaData(bind=connection)
db_table = Table("miranda", metadata,
Column("id", Integer, primary_key=True),
autoload=True)
mapper(MirnaTable, db_table)
Session = sessionmaker(connection)
session = Session()然后,我尝试执行以下命令
all_records = session.query(MirnaTable).all()我得到了
sqlalchemy.exc.OperationalError: (OperationalError) no such column: miranda.id
u'SELECT miranda.gene_id AS miranda_gene_id, miranda."mature_miRNA" AS
"miranda_mature_miRNA", miranda.id AS miranda_id \nFROM miranda' ()所以当然没有找到id列。知道我哪里做错了吗?提前谢谢。
EDIT:根据请求,下面是表中的一个示例(直接从sqlite检索):
gene mature_miRNA
---- -------------
80205 hsa-miR-200c
80205 hsa-miR-200c
9693 hsa-miR-200c
9693 hsa-miR-200c
9881 hsa-miR-200c
9710 hsa-miR-200c
9750 hsa-miR-200c 发布于 2012-02-15 18:41:17
你误解了你提到的帖子。您必须选择一个现有列并将其定义为主列。还可以通过将组合主键全部放入定义中来设置它们。在你的例子中,我认为一个基因有几个成熟的microRNA,所以主键应该由(gene_id, mature_miRNA)对组成。由于表中没有更多的字段,因此不需要在autoload=True标志中。
db_table = Table("miranda", metadata,
Column("gene_id", Integer, primary_key=True),
Column("mature_miRNA", Integer, primary_key=True))我不知道您的表中字段的类型,所以如果它们不是整数,请适当地更改它们。
发布于 2014-04-26 16:28:26
将sqlite数据库的Column id更改为rowid
原创
db_table = Table("miranda", metadata,
Column("id", Integer, primary_key=True),
autoload=True)已修改
db_table = Table("miranda", metadata,
Column("rowid", Integer, primary_key=True),
autoload=True)发布于 2012-02-15 18:28:46
确保id列首先存在,然后尝试大小写。
也可以为表设置两个主键:
Column("id", Integer, primary_key=True),
Column("secondColumn", Integer, primary_key=True)但是,如果有任何其他行与此行完全匹配,则这可能会导致更新异常。最好重新创建表并插入您自己的PK列
https://stackoverflow.com/questions/9291307
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