从引用同一生物体的另一个fasta文件(Tf)的文件中获取fasta序列(蛋白质组)
从引用同一生物体的另一个fasta文件(Tf)的文件中获取fasta序列(蛋白质组)
提问于 2016-04-16 07:57:42
基本上我有两个大的fasta序列文件，第一个是蛋白质组fasta序列(所有的蛋白质序列)，第二个是同一生物体的转录因子序列fasta文件，我想知道是否有任何方法可以用这两个文件将非转录序列提取为fasta文件？？非常感谢
回答 1
Stack Overflow用户
发布于 2016-05-30 23:57:10
答案是可以的，基本上算法如下所示。
- 读取转录因子序列并存储为散列或字典。
- 扫描蛋白质组fasta序列，如果序列/位置不在散列/字典中，则附加到fasta扫描，获取阵列/列表并以所需格式输出。
我说hash/dict的原因取决于你是用python还是其他语言来做这件事。
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