问Matlab "system“命令卡住

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我是用matlab自动参数化并启动一个有限元方法的代码。我编写了一个有限元代码将读取的参数文本文件，然后用以下命令调用有限元代码：

[status,cmdout]=system(['FEMApp ' current_folder '\MyFile']);

有时，有限元应用程序将无法完成其任务，并在命令窗口中发送错误消息。到目前为止，我能够在cmdout中检测到错误消息，并继续下一个参数设置。

由于未知的原因，系统命令开始表现出不同的行为:它似乎永远被卡住了(Matlab总是处于“忙”模式)。我有没有在没有意识到的情况下改变了什么？

目前，我使用以下解决方案：

[status,cmdout]=system(['FEMApp ' current_folder '\MyFile &']);
pause(45)
system(['taskkill' 'FEMProcessus')

它工作正常，但它大大减慢了我的计算速度(~ x5)，因为Matlab会一直等待45秒，即使任务在更短的时间内完成。

有人能解释Matlab行为的变化吗？有谁有比我更聪明的工作方法吗？