使用矩阵进行全局测试路径分析
使用矩阵进行全局测试路径分析
提问于 2012-04-20 19:06:16
我有一个包含SAGE计数数据的矩阵，我想测试GO在路径中的富集。因此，我想在R中使用globaltest。我的数据如下所示：
data_file
KI_1 KI_2 KI_4 KI_5 KI_6 WT_1 WT_2 WT_3 WT_4 WT_6
ENSMUSG00000002012 215 141 102 127 138 162 164 114 188 123
ENSMUSG00000028182 13 5 13 12 8 10 7 13 7 14
ENSMUSG00000002017 111 72 70 170 52 87 117 77 226 122
ENSMUSG00000028184 547 312 162 226 280 501 603 407 355 268
ENSMUSG00000002015 1712 1464 825 1038 1189 1991 1950 1457 1240 883
ENSMUSG00000028180 1129 944 766 869 737 1223 1254 865 871 844行名包含ensembl基因ID，每列表示一个样本。这些样本可以分为两组用于检测途径富集: KI1组和WT2组
groups <- c("KI1","KI1","KI1","KI1","KI1","WT2","WT2","WT2","WT2","WT2")我找到了函数gtKEGG来做路径分析，但我的问题是如何做？因为当我运行函数时，我没有创建任何错误，但我的输出文件如下所示：
> gtKEGG(groups, t(data_file), annotation="org.Mm.eg.db")
holm alias p-value Statistic Expected Std.dev #Cov
00380 NA Tryptophan metabolism NA NA NA NA 0
01100 NA Metabolic pathways NA NA NA NA 0
02010 NA ABC transporters NA NA NA NA 0
04975 NA Fat digestion and absorption NA NA NA NA 0
04142 NA Lysosome NA NA NA NA 0
04012 NA ErbB signaling pathway NA NA NA NA 0
04110 NA Cell cycle NA NA NA NA 0
04360 NA Axon guidance NA NA NA NA 0有人能帮我回答这个问题吗？谢谢！:)
回答 1
Stack Overflow用户
回答已采纳
发布于 2012-04-23 14:32:02
我找到解决方案了！
library(globaltest)
library(org.Mm.eg.db)
eg <- as.list(org.Mm.egENSEMBL2EG)
KEGG<-gtKEGG(as.factor(groups), t(data_file), probe2entrez= eg, annotation="org.Mm.eg.db")页面原文内容由Stack Overflow提供。腾讯云小微IT领域专用引擎提供翻译支持
原文链接：
https://stackoverflow.com/questions/10245029
复制相关文章
相似问题
腾讯云开发者
