问如何在包中定义S4类，以及如何正确地将其记录下来？

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就像其他R对象一样，通过存储在包源的man子目录中的*.Rd文件来记录S4类和方法定义。

除了阅读the relevant section of R-exts之外，我还建议您下载并查看您所熟悉的编写良好的基于S4的包的源代码。(对我来说，可能是sp、lme4或矩阵。)

最后，methods包包含两个漂亮的实用函数promptClass()和promptMethods()，它们将为当前R会话中定义的任何S4类或方法填充一个框架*.Rd文件。

作为使用sp包中定义的R对象的示例，您可以这样做：

library(sp)     ## for some example S4 classes and methods

promptClass("SpatialPolygons")
# A shell of class documentation has been written to the file
# ‘SpatialPolygons-class.Rd’.

promptMethods("bbox")
# A shell of methods documentation has been written to the file
# ‘bbox-methods.Rd’.

然后看看文件SpatialPolygons-class.Rd和bbox-methods.Rd，看看这些函数能为您节省多少工作！

编辑：在快速重读您的问题之后，我看到您也在询问如何包含方法和类本身。我对此的建议基本上是一样的:阅读手册并“使用源代码”(确保还要查看如何使用NAMESPACE文件中的exportClasses()和exportMethods()指令导出S4对象)。