“下面的对象屏蔽了'package:xxx'”是什么意思？
当我加载一个包时，我收到一条消息，说明：
"The following object is masked from 'package:xxx'例如，如果我先加载testthat，然后加载assertive，则会得到以下结果：
library(testthat)
library(assertive)
## Attaching package: ‘assertive’
##
## The following objects are masked from ‘package:testthat’:
##
## has_names, is_false, is_less_than, is_null, is_true这条消息是什么意思，我如何防止它？
回答 3
Stack Overflow用户
发布于 2016-08-25 13:11:09
该消息表示这两个包具有相同名称的函数。在本例中，testthat和assertive包包含五个同名的函数。
当两个函数具有相同的名称时，调用哪个函数？
R将在search路径中查找函数，并将使用它找到的第一个函数。
search()
## [1] ".GlobalEnv" "package:assertive" "package:testthat"
## [4] "tools:rstudio" "package:stats" "package:graphics"
## [7] "package:grDevices" "package:utils" "package:datasets"
## [10] "package:methods" "Autoloads" "package:base"在本例中，由于assertive是在testthat之后加载的，因此它出现在搜索路径的前面，因此将使用该包中的函数。
is_true
## function (x, .xname = get_name_in_parent(x))
## {
## x <- coerce_to(x, "logical", .xname)
## call_and_name(function(x) {
## ok <- x & !is.na(x)
## set_cause(ok, ifelse(is.na(x), "missing", "false"))
## }, x)
## }
<bytecode: 0x0000000004fc9f10>
<environment: namespace:assertive.base>testthat中的函数不能以通常的方式访问；也就是说，它们已被屏蔽。
如果我想使用其中一个被屏蔽的函数怎么办？
在调用函数时，可以使用双冒号运算符::显式提供包名。例如：
testthat::is_true
## function ()
## {
## function(x) expect_true(x)
## }
## <environment: namespace:testthat>如何抑制该消息？
如果您知道函数名clash，并且不想再次看到它，那么可以通过将warn.conflicts = FALSE传递给library来禁止显示该消息。
library(testthat)
library(assertive, warn.conflicts = FALSE)
# No output this time或者，使用suppressPackageStartupMessages禁止显示消息
library(testthat)
suppressPackageStartupMessages(library(assertive))
# Also no outputR's启动过程对函数掩蔽的影响
如果您更改了R的一些启动配置选项(请参阅?Startup)，您可能会体验到与预期不同的功能屏蔽行为。在?Startup中，事情发生的精确顺序应该会解开大多数谜团。
例如，那里的文档说：
请注意，当获取站点和用户配置文件时，仅加载基本包，因此其他包中的对象需要通过utils::dump.frames或在显式加载相关包之后引用。
这意味着当通过.Rprofile等文件加载第三方包时，您可能会看到那些包中的函数被统计信息等默认包中的函数屏蔽，而不是相反，如果您在R的启动过程完成后加载了第三方包。
如何列出所有被屏蔽的函数？
首先，获取搜索路径上所有环境的字符向量。为方便起见，我们将此向量的每个元素命名为各自的值。
library(dplyr)
envs <- search() %>% setNames(., .)对于每个环境，获取导出的函数(和其他变量)。
fns <- lapply(envs, ls)将其转换为数据帧，以便与dplyr一起使用。
fns_by_env <- data_frame(
env = rep.int(names(fns), lengths(fns)),
fn = unlist(fns)
)查找对象多次出现的情况。
fns_by_env %>%
group_by(fn) %>%
tally() %>%
filter(n > 1) %>%
inner_join(fns_by_env)要测试这一点，请尝试加载一些具有已知冲突的包(例如，Hmisc、AnnotationDbi)。
如何防止名称冲突bug？
每当您尝试使用名称不明确的变量时，conflicted包都会抛出一个错误，其中包含一条有用的错误消息。
library(conflicted)
library(Hmisc)
units
## Error: units found in 2 packages. You must indicate which one you want with ::
## * Hmisc::units
## * base::unitsStack Overflow用户
发布于 2020-08-18 17:09:19
我也有同样的问题。我用remove.packages("Package making this confusion")避免了这一点，它起作用了。在我的例子中，我不需要第二个包，所以这不是一个很好的主意。
Stack Overflow用户
发布于 2021-06-24 11:35:06
这不是对这里提出的问题的回答，而是对R开发人员的建议和想法。请采取以下措施之一，以避免这里提出的问题的发生。
- 其中必须有包和函数的列表。开发人员可以查看该列表，并为其函数命名，这样它就不会与其他函数冲突。或者，alternatively
- R软件必须自动为那些随后添加的函数名分配一个唯一的字母数值，例如< function -相关软件包的第一个字母-数值。为了说明，假设在包“pak”中已经存在函数"fun“；如果随后由另一个包"pak1”添加相同的名称"fun“，则在安装包”pak1“时，随后添加的"fun”必须自动采用新名称"fun_1“。
https://stackoverflow.com/questions/39137110
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