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问在R中解释NMF包中的extractFeatures()
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Stack Overflow用户

提问于 2013-06-20 03:20:58

回答 1查看 1.2K关注 0票数 0

我正在使用R package NMF对微阵列表达式数据执行非负矩阵分解。我很好地完成了nmf过程，但希望从基矩阵中提取基因名称(特征)。基矩阵是nmf之后的结果矩阵之一，行为基因名称，列为元基因编号(因式分解秩)。

这个包有一个名为extractFeatures()的函数来完成这项工作，它将对矩阵进行评分，并返回符合我评分标准的特征(基因名称)。假设在运行NMF (名为x的最终NMF对象)之后，我有4个元元素列(秩= 4)用于基本矩阵。当我运行s <- extractFeatures(x)时，我得到一个包含4个包含整数的向量的R“列表”：

> class(s)
[1] "list"

> str(s)
List of 4
 $ : int [1:575] 569 4857 4 51 91 9627 6359 2522 118 163 ...
 $ : int [1:243] 3 1 11834 106 2 52 3855 1103 6 1510 ...
 $ : int [1:37] 11922 11890 11521 11888 11648 11388 9340 11520 9854 11670 ...
 $ : int [1:808] 6123 9125 11918 10432 9674 2109 11802 8372 11746 6996 ...
 - attr(*, "method")= chr "kim"

(对于下面的代码，为简洁起见，删除了一些结果)

> s
[[1]]
  [1]   569  4857     4    51 

[[2]]
  [1]     3     1 11834   106     2    52  3855  1103     6  1510    14    49

[[3]]
 [1] 11922 11890 11521

[[4]]
 [1]  6123  9125 11918 10432  9674  2109

问题1:这些整数是什么？它们应该是我的矩阵中的“特征”(即基因名称)。为什么它们是整数而不是基因名称？这些整数在某种程度上是否与我的基因名称相对应？

问题2:如何从每个单独的载体中分离出基因名称(在列表s中)。例如，我只想获取第一个元基因的基因名称(575个特征)，然后只获取第二个元基因的基因名称(243个特征)，依此类推。

任何想法都将不胜感激。谢谢!

sparse-matrix

回答 1

Stack Overflow用户

回答已采纳

发布于 2013-12-07 05:50:23

我认为整数是你的基因的索引

http://nmf.r-forge.r-project.org/scores.html

extractFeatures将选定要素作为索引列表、单个整数向量或与仅包含选定要素的对象属于同一类的对象返回。

票数 1

页面原文内容由Stack Overflow提供。腾讯云小微IT领域专用引擎提供翻译支持

原文链接：

https://stackoverflow.com/questions/17199575

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