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问从blast数据库名称中获取fasta源文件
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Stack Overflow用户

提问于 2013-06-22 04:09:01

回答 1查看 1.2K关注 0票数 2

我目前正在编写一个使用Blast的-outfmt 10选项的库，它为您提供了CSV而不是漂亮的人类可读格式。

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tblastn -db dmel_a -query somequery.faa -outfmt 10

问题是，我想访问db源文件，以便在处理后可以提取一些序列。我知道的唯一方法就是使用remove -outfmt 10并运行两次blast。然后，我解析人类可读的输出，以获得这样的代码行：

Database: Source.fas

但是，只有当在makeblastdb中创建数据库时没有指定title时，这才能起作用。无论如何，outfmt 10的stitle似乎是fasta的标题行。我不能只查找数据库名称，然后查找.fna, .fas, .faa，因为您可以将数据库命名为与源文件不同的名称。

有没有其他方法可以从blast数据库名称中提取fasta源文件？我在outfmt选项列表中没有看到。还是我今天失明了？

回答已采纳

发布于 2013-06-25 00:28:08

根据Biostar的问题和blasted bioinformatics的博客文章找到了一个有效的解决方案。如果您的fasta不完全遵循NCBI命名，则需要Blast+ 2.2.28。

创建blast数据库时，请使用-parse_seqids标志。然后使用blastdbcmd，您可以提取序列的一个范围

blastdbcmd -db t/blastTest/dmel -range 1-10 -entry some_seq_id

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原文链接：

https://stackoverflow.com/questions/17243505

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