问gage (一个R包)创建的pdf文件为什么打不开

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我正在尝试使用用R实现的Gage包来分析我的RNA-seq数据。我按照本教程获得了data.kegg.p文件，并使用以下脚本为顶级基因集生成了热图

for (gs in rownames(data.kegg.p$greater)[1]) {
  outname = gsub(" |:|/", "_", substr(gs, 10, 100))
  geneData(genes = kegg.gs[[gs]], exprs = essData, ref = 1,
  samp = 2, outname = outname, txt = T, heatmap = T,
  Colv = F, Rowv = F, dendrogram = "none", limit = 3, scatterplot = T)
  }

我确实得到了一个名为"NOD-like_receptor_signaling_pathway.geneData.heatmap.pdf"，的pdf文件，但是当我用acrobat阅读器或photoshop打开这个文件时，它给出了这个文件已经被破坏并且无法恢复的错误信息。有没有人可以帮助检查这个文件(https://www.dropbox.com/s/wrsml6n1pbrztnm/NOD-like_receptor_signaling_pathway.geneData.heatmap.pdf?dl=0)，看看它是否真的被破坏了，有没有可能找到一种方法来恢复它？

我还附加了R工作区文件(https://www.dropbox.com/s/6n5m9x5hyk38ff1/A549.RData?dl=0)。对象"a4“是可用于仪表分析的格式的数据。它包含参考样本(nc)和处理样本(a549)的数据。它可以被gage接受以进行分析，但会生成无法打开的热图pdf文件(如上)。您介意帮我检查一下这些数据是否可以正确地用来生成正确的量具结果吗？

诚挚的问候。