适用于deseq2的rangedummarizedexperiment实验
适用于deseq2的rangedummarizedexperiment实验
提问于 2017-03-26 03:07:10
我正在尝试使用R中的DESeq2包进行差异基因表达，但在从输入数据创建所需的RangedSummarizedExperiment对象时遇到了问题。我已经找到了几个这样做的教程和小插曲，但它们似乎都适用于与我的不同的原始数据集。我的数据以基因名作为行名，以患者id作为列名，数据是简单的整数计数数据。必须有一种简单的方法来从这种类型的输入数据创建RangedSummarizedExperiment对象，但我还没有找到一种方法。有人能帮上忙吗？谢谢。
回答 1
Stack Overflow用户
发布于 2017-03-27 23:36:38
我在理解如何使用这种数据结构时也遇到了类似的问题。通过使用DESeqDataSetFromMatrix，我最终成功地摆脱了它。你可以在Modify r object with rpy2的第一个代码块中看到一个例子(这段代码是纯R的，后面是rpy2的东西)。在本例中，我以基因为行，以样本为列，因此很可能您将能够采用相同的方法。
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https://stackoverflow.com/questions/43020709
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