按变量划分的火山图颜色
按变量划分的火山图颜色
提问于 2017-05-23 05:32:52
我正在用ggplot2制作一些代谢组学数据的火山图。它工作得很好，我有它的颜色，以反映p值和折叠变化截断。但是，我希望根据“变量”列中的值对这些点进行顺从着色。
volcano = ggplot(foldpg, aes(x=log2fold, y=logp, colour=posthreshold)) +
geom_point(alpha=0.5, size=2.5) +
theme(legend.position = "none") +
xlim(c(-5, 5)) + ylim(c(0, 12)) +
xlab("log2 fold change") + ylab("-log10 p-value")
volcanofoldpg的"variable“列有四个可能的值--我希望每个值都有唯一的颜色。
谢谢
回答 1
Stack Overflow用户
发布于 2017-06-02 03:58:26
我生成了一个包含三个变量的数据框foldpg
x=log2fold
y=logp
variablefoldpg的"variable“列有四个可能的值A, B, C, D
log2fold<-runif(100, -1, 1)
logp<-runif(100, -5, 5)
variable<-sample( LETTERS[1:4], 100, replace=TRUE)
foldpg<- data.frame(variable, log2fold, logp)使用geom_point(aes(colour = variable))可以设置四种颜色，而使用scale_colour_manual可以将颜色分配给四个值A, B, C, D。
volcano = ggplot(foldpg, aes(x=log2fold, y=logp)) +
geom_point(aes(colour = variable), alpha=0.5, size=2.5) +
scale_colour_manual(values = c("A"= "yellow", "B"="red", "C"=
"black", "D"="green"))
volcano但是，您需要排除colour=posthreshold
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原文链接：
https://stackoverflow.com/questions/44122460
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