R:外部函数调用(arg 1)中的NA/NaN/Inf
R:外部函数调用(arg 1)中的NA/NaN/Inf
提问于 2017-06-09 00:32:41
我正在尝试使用以下代码创建相异矩阵：
BC26bBrayCurtisMatrix<-vegdist(BC2_6b_OTU, method="bray", binary=FALSE, diag=FALSE, upper=FALSE,na.rm = FALSE)我得到了这个错误：
Error in vegdist(BC2_6b_OTU, method = "bray", binary = FALSE, diag = FALSE, NA/NaN/Inf in foreign function call (arg 1)我试过了：
is.na(BC2_6b_OTU)除了表末尾的2列之外，输出将返回所有FALSE。这些在我的BC2_6b_OTU.csv文件中实际上是空的，但是在这个is.na输出之后说'TRUE‘。这会是问题所在吗？如果是，我该如何删除此行？
还有其他建议吗？我是R的新手，我很感谢你的帮助！
回答 1
Stack Overflow用户
发布于 2017-06-09 00:41:47
如果要删除某些列，可以执行以下操作
x <- x[, c(ncol(x), ncol(x)-1)]或
x <- x[ , !sapply(x, FUN = function(n) any(is.na(n))))我的猜测是这个.csv是在电子表格程序中创建的？如果是这样，请考虑删除数据集末尾的“空”列，并处理干净的数据集。
这里演示了NAs会导致您的问题。
library(vegan)
data(varespec)
vare.dist <- vegdist(varespec)
varespec$sneakycol1 <- NA
varespec$sneakycol2 <- NA
sneaky.dist <- vegdist(varespec, method = "bray")页面原文内容由Stack Overflow提供。腾讯云小微IT领域专用引擎提供翻译支持
原文链接：
https://stackoverflow.com/questions/44441176
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