关于Python程序计算一个水分子的氧与其他水分子的氢的距离
关于Python程序计算一个水分子的氧与其他水分子的氢的距离
提问于 2017-06-01 11:40:52
在gromacs中进行md模拟后，我有一个每个0.5 ps的轨迹。我想计算一个水分子( OW )的氧与其他水分子(HW1，HW2 )的氢之间的距离，即28SOL的OW与HW1之间的距离，HW2为30SOL的距离，28SOL的OW与HW1的距离，HW2为31SOL，对于所有组合，对于t=0.00，对于t=0.500...
Generated by trjconv : Protein t= 0.00000
28SOL OW 115 0.439 0.940 1.110
28SOL HW1 116 0.462 1.020 1.055
28SOL HW2 117 0.414 0.864 1.050
29SOL OW 118 1.626 1.796 1.779
29SOL HW1 119 1.550 1.763 1.834
29SOL HW2 120 1.594 1.871 1.720
30SOL OW 121 1.022 0.116 0.460
30SOL HW1 122 0.955 0.125 0.533
30SOL HW2 123 1.002 0.182 0.388
31SOL OW 124 1.063 0.349 1.874
31SOL HW1 125 1.028 0.428 1.824
31SOL HW2 126 1.129 0.300 1.816
32SOL OW 127 1.726 0.716 1.886
32SOL HW1 128 1.737 0.680 1.793
32SOL HW2 129 1.799 0.782 1.905
.
.
.
Generated by trjconv : Protein t= 0.50000
28SOL OW 115 0.494 1.029 1.115
28SOL HW1 116 0.529 1.116 1.080
28SOL HW2 117 0.465 0.971 1.039
29SOL OW 118 1.566 1.834 1.772
29SOL HW1 119 1.556 1.767 1.846
29SOL HW2 120 1.476 1.864 1.742
30SOL OW 121 0.913 0.070 0.385
30SOL HW1 122 0.876 0.086 0.477
30SOL HW2 123 0.880 0.142 0.323
31SOL OW 124 1.089 0.344 1.872
31SOL HW1 125 1.028 0.403 1.820
31SOL HW2 126 1.154 0.300 1.809
.
.
.我怎么才能写一段python代码来计算这个的距离呢？
回答 1
Stack Overflow用户
发布于 2017-06-20 10:25:26
这就是gmx distance所做的，选择正确的索引组。
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原文链接：
https://stackoverflow.com/questions/44298126
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