linux for每次循环两个变量
linux for每次循环两个变量
提问于 2017-11-01 11:39:45
我在一个目录中有几个文件，我想每隔两个文件就在这些文件上运行一些linux包，比如使用ERR1045141_2的ERR1045141_1和使用ERR1045144_2的ERR1045144_1等等。因此，我为此编写了一个for循环，但它不起作用。
files:
ERR1045141_1.fastq.gz
ERR1045141_2.fastq.gz
ERR1045144_1.fastq.gz
ERR1045144_2.fastq.gz
ERR1045145_1.fastq.gz
ERR1045145_2.fastq.gz
ERR1045146_1.fastq.gz
ERR1045146_2.fastq.gz
ERR1045148_1.fastq.gz
ERR1045148_2.fastq.gz
ERR1045149_1.fastq.gz
ERR1045149_2.fastq.gz
ERR1045151_1.fastq.gz
ERR1045151_2.fastq.gz
ERR1045152_1.fastq.gz
ERR1045152_2.fastq.gz
ERR1045154_1.fastq.gz
ERR1045154_2.fastq.gz
codes:
files=ls
for (( i=0; i<${#files[@]} ; i+=2 )) ; do
echo "${files[i]}" "${files[i+1]}"
done它没有工作，我不确定是不是files=ls有wrong.Or任何更好的方式来做it.please建议。
回答 2
Stack Overflow用户
发布于 2017-11-01 12:12:49
如果您确定存在第二个文件，请尝试以下操作：
for file1 in ERR*_1*
do
file2=`echo $file1 | sed 's/_1/_2/g'`
echo $file1 $file2
doneStack Overflow用户
发布于 2017-11-01 12:46:40
不，您真正想要做的是处理所有的1文件，对它及其关联的2文件执行一些操作。
您可以在这个完整的测试程序中使用像for循环这样简单的东西来做到这一点：
#!/usr/bin/env bash
doSomethingWith() {
echo "[$1] [$2]"
}
touch 'xERR1045141_1.fastq.gz' 'xERR1045141_2.fastq.gz'
touch 'xERR1045144_1.fastq.gz' 'xERR1045144_2.fastq.gz'
touch 'xERR1045145_1.fastq.gz' 'xERR1045145_2.fastq.gz'
touch 'xERR1045146_1.fastq.gz' 'xERR1045146_2.fastq.gz'
touch 'xERR1045148_1.fastq.gz' 'xERR1045148_2.fastq.gz'
touch 'xERR1045149_1.fastq.gz' 'xERR1045149_2.fastq.gz'
touch 'xERR1045151_1.fastq.gz' 'xERR1045151_2.fastq.gz'
touch 'xERR1045152_1.fastq.gz' 'xERR1045152_2.fastq.gz'
touch 'xERR1045154_1.fastq.gz' 'xERR1045154_2.fastq.gz'
touch 'xERR 45154_1.fastq.gz' 'xERR 45154_2.fastq.gz'
for file1 in xERR*_1.fastq.gz ; do
file2="${file1/_1/_2}"
doSomethingWith "${file1}" "${file2}"
done
rm -rf xERR*.fastq.gz此程序输出：
[xERR1045141_1.fastq.gz] [xERR1045141_2.fastq.gz]
[xERR1045144_1.fastq.gz] [xERR1045144_2.fastq.gz]
[xERR1045145_1.fastq.gz] [xERR1045145_2.fastq.gz]
[xERR1045146_1.fastq.gz] [xERR1045146_2.fastq.gz]
[xERR1045148_1.fastq.gz] [xERR1045148_2.fastq.gz]
[xERR1045149_1.fastq.gz] [xERR1045149_2.fastq.gz]
[xERR1045151_1.fastq.gz] [xERR1045151_2.fastq.gz]
[xERR1045152_1.fastq.gz] [xERR1045152_2.fastq.gz]
[xERR1045154_1.fastq.gz] [xERR1045154_2.fastq.gz]
[xERR 45154_1.fastq.gz] [xERR 45154_2.fastq.gz]以显示名称正在被正确处理。
请注意，我已将文件命名为xERR*，以免与您自己的文件冲突。您应该调整循环来处理您自己的文件，一旦您满意它将正常工作。
顺便说一句，如果你不想做任何事情，除了两个文件都存在的情况，你可以简单地用下面的代码替换"action“行：
[[ -f "${file2}" ]] && doSomethingWith "${file1}" "${file2}"这将绕过2文件不是常规文件的那些文件。
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原文链接：
https://stackoverflow.com/questions/47047870
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